Claim Missing Document
Check
Articles

Found 1 Documents
Search
Journal : AL KAUNIYAH

Primer Design and Optimization of Annealing Temperature for Gene Amplification GSTL2 on Rice Violita, Violita; Achyar, Afifatul; Zulyusri, Zulyusri; Atifah, Yusni; Putri, Dwi Hilda; Nabilah, Rezi
Al-Kauniyah: Jurnal Biologi Vol. 17 No. 2 (2024): AL-KAUNIYAH JURNAL BIOLOGI
Publisher : Department of Biology, Faculty of Science and Technology, Syarif Hidayatullah State Islami

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15408/kauniyah.v17i2.32859

Abstract

AbstractGlutathione S-Transferase is a superfamily enzyme that has many roles for living things, especially in the detoxification of Reactive Oxygen Species (ROS), one of which is rice plants. One gene of this family that has a role for plants is GSTL2 This gene is known to have a contribution to Arabidopsis and Oryza sativa L. against abiotic stress. To find out how this gene expression is requires a primer to specifically amplify this gene, and an optimal annealing temperature to support the success of the primer. This study aims to design primers and determine the optimal annealing temperature for gene amplification GSTL2. Primers were designed using the Primer3, which were then analyzed with Genious Prime based on good primer criteria and optimizing the annealing temperature which was carried out using gradient PCR. The results of this study obtained a primer pair is forward 5’-TTCGAAGGGCCAGCATTACT-3’ primer reverse 5’-CAATGTCCACCAAGCTGAA-3’. The primer pair has a length of 20 nt, with melting temperature (Tm) 59–59,4 °C, and GC content 50%. The primer forward there is a secondary structure in the form of a self-dimer with (Tm) 6.2 °C. The primer pair can amplify gene sequences GSTL2 by producing a PCR product 224 bp. The annealing temperature of 60 °C resulting in a single thick, bright DNA strand.AbstrakGlutathione S-Transferase merupakan enzim superfamily yang memiliki banyak peranan bagi makhluk hidup terutama dalam detoksifikasi Reactive Oxygen Species (ROS), salah satunya tumbuhan. Salah satu gen dari famili ini yang memiliki peranan bagi tanaman adalah GSTL2. Gen ini diketahui memiliki kontribusi bagi tanaman Arabidopsis dan Oryza sativa L. terhadap stres abiotik. Untuk mengetahui bagaimana ekspresi gen GSTL2 ini dibutuhkan primer untuk mengamplifikasi gen ini secara spesifik, di samping itu suhu annealing yang optimal untuk menunjang keberhasilan primer. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain primer dan menentukan suhu annealing yang optimal untuk mengamplifikasi gen GSTL2. Primer didesain menggunakan tools Pick Primer dan Geneious Prime, yang kemudian dianalisis secara in silico berdasarkan kriteria primer yang baik. Serta optimasi suhu annealing yang dilakukan menggunakan gradient PCR. Hasil penelitian ini diperoleh sepasang primer dengan panjang masing-masing primer 20 nt, primer forward 5’-TTCGAAGGGCCAGCATTACT-3’ primer reverse 5’-CAATGTCCACCAAGCTGAA-3’. Pasangan primer dapat mengamplifikasi sekuen gen GSTL2 dengan menghasilkan produk PCR sebesar 224 bp pada suhu annealing 60 °C.
Co-Authors Abdul Razak Abdul Razak Abubakar Abubakar Achyar, Afifatul Adinda, Diva Afrilliana, Friska Akbar, Imam Qodri Alsya Az Zahra Amalia, Windi Aprila Amsar Maulana Annisa Khaira Annisa Khaira Ardelia Febriana Ardi Ardi Arianti, Riri Putri Ayesa, Putri Az Zahra, Alsya Az zahra, Firda Azeli, Saskia Putri Azizah Mutmainah Azizah, Jalilah BR Tarigan, Siti Nadiah Zahra Dadang Mulyadi Saleh Des M Dezi Handayani Diana, Okta Dilla Wirmaningsih Dwi Hilda Putri Dwi Hilda Putri Dwi Junita Zega Elsa Badriyya Elsa Yuniarti Elwidani Siregar Fadhil Ramadhan, Bintang Fadika Hayyuni Fadillaturahmah, Fadillaturahmah Fathimah Azzahra Fatma Suryani Harahap Febi Permata Jingga Febiola, Cantika Riski Feby Djumaita Sari Ferix Riskierdi Fevria, Resti Fitra Arya Dwi Nugraha Fitra Nugraha, Fitra Fitri Agustina Lubis Fitri Arsih Fitria, Davina Foarota Harefa Fransisco, Sandi Fuadiyah, Sa’diyatul Fuji Zahara Zahara Gilang Amanda Gilang Amanda Hafizh Alza Afra Hafizh Alza Afra Hayu, Elvira Heffi Alberida Helendra Helendra . Helendra Helendra Helka Yuliati Helsa Rahmatika Hendro Pramono Iqra, Kuntum Nurul Irma Leilani Eka Putri Irma Leilani Eka Putri Iskandar Safri Hasibuan Iskandar Safri Hasibuan Jalilah Azizah Jalilah Azizah Lubis Juita, Salsabila Jumatul Hafsah Keiko Kasy Billah Keiko Kasy Billah Khairunisa Khairunisa Kurnia, Aifa LAILA TUSSIFAH LUBIS Linda Advinda Lufri Lufri Marten, Threo Wanda Maulina, Adinda Rizky Mayang Anazalia Meilani Syaiful Meisya, Divia Yuda Melvariani Syari Batubara Miftahul Jannah Mita Ariani Monica, Della Trya Moralita Chatri Mutia, Ravena Mutiara Ghina Mutiara Ghina Mutiara Lubis Nabila Latu Fany Nabilah, Rezi Najib Rahman. G Nella Fauziah Nurmaini Ginting Nurul Fathya NURUL HIDAYAH Nurul Hiza Putri Nurul Ilma Septiani Pasaribu, Surya Elita Putri Andriani Putri, Irma Leilani Eka Putri, Isna Aryunita Putri Putri, Nurul Hiza Rahma Amelia, Anisha Chahya Rahmadhani Fitri Rahmawati Darussyamsu Rahmi Holinesti Rahmi Suci Nadira Rani Mauliza Relsas Yogica, Relsas Reza Sapitri Rezi Nabilah Richi, Qori Dwi Rijal Satria Riri Putri Arianti Ristiono Ristiono Ristiono Ristiono S. Syamsurizal Sa'diatul Fuadiyah Sa'diah, Jihan Natul Sa'diah Sa’diyatul Fuadiyah safitri, fira Sahlan Tuah Saldi, Andini Putri Samsiah Samsiah Satria, Rijal Sa’diatul Fuadiyah Silvira Ilhami Suci Fajrina Surya Elita Pasaribu Syamsurizal, S. Titisna Gumarni Vauzia Vauzia Vauzia, Vauzia Vauzia, Vauzia Verina, Farhanah Shofwah Violita Violita Violita Violita Violita Violita Widya Gusti Rahmawati D. Wulandari Wulandari Yogi Saputra, Yogi Yulia Sistina Yuliati, Netri Yuni Ahda Yuni Ahda Zahra, Fauziah Az Zega, Dwi Junita Zulfahmi Zulfahmi Zulhandri Zulhandri Zulyusri Zulyusri Zulyusri Zulyusri Zulyusri, Zulyusri Zulzusri, Zulzusri