Garuda - Garba Rujukan Digital

SELEKSI IN VITRO UNTUK MENDAPATKAN TUNAS PISANG AMPYANG HASIL IRADIASI GAMMA INSENSITIF FILTRAT KULTUR F. oxysporum f.sp cubense Reni Indrayanti; Nurhajati A. Mattjik; Asep Setiawan; , Sudarsono
Zuriat Vol 23, No 1 (2012)
Publisher : Breeding Science Society of Indonesia (BSSI) / PERIPI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24198/zuriat.v23i1.6868

Pisang cv. Ampyang (Musa acuminata, AAA, subgroup non-Cavendish) merupakan jenis pisang meja, dan keberadaannya ini sudah sulit dijumpai karena diduga rentan terhadap penyakit layu Fusarium. Tujuan percobaan ini adalah untuk mendapatkan varian plantlet pisang cv. Ampyang insensitif filtrat kultur (FK) Foc melalui seleksi in vitro secara bertingkat. Pendekatan percobaan dilakukan dengan menyeleksi plantlet varian pisang hasil mutasi induksi dengan iradiasi gamma (20, 25, 30, 40, 45 dan 50 Gy) dalam media selektif mengandung FK Foc secara bertingkat (30%, 40%, 50% dan 60%). Kultur filtrat yang berasal dari cendawan Fusarium oxysporum f.sp. cubense (Foc) isolat Banyuwangi digunakan sebagai agen penyeleksi Tunas pisang in vitro yang mampu bertahan hidup dalam medium selektif diidentifikasikan sebagai tunas yang insensitif terhadap filtrat kultur Foc. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa seleksi in vitro pada media selektif mengandung filtratekultur Foc 30%, belum mampu menghambat pertumbuhan tunas varian yang diseleksi. Peningkatan konsentrasi filtrat kultur Foc sampai 50% hanya mampu menghambat beberapa perlakuan plantlet varian hasil iradiasi. Penghambatan pertumbuhan tunas secara signifikan terlihat pada media selektif mengandung filtrat kultur Foc 60%, dan hasil percobaan ini diperoleh 1695 plantlet (57.7%) teridentifikasi insensitif terhadap FK Foc. Plantlet-plantlet tersebut akan digunakan sebagai plasma nutfah untuk mendapatkan klon-klon tanaman pisang cv. Ampyang resisten layu Fusarium.

EVALUASI KERAGAMAN GENETIK JARAK PAGAR (Jatropha curcas L.) BERDASARKAN MARKA MOLEKULER Darmawan Saptadi; Rr Sri Hartati; , Sudarsono; Asep Setiawan; Bambang Heliyanto
Zuriat Vol 22, No 2 (2011)
Publisher : Breeding Science Society of Indonesia (BSSI) / PERIPI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24198/zuriat.v22i2.6851

Studi tentang keragaman genetik jarak pagar menggunakan marka molekuler telah banyak dilakukan di berbagai negara dengan hasil yangtidak konsisten. Penelitian ini dilakukan untuk mendapatkan informasi tentang keragaman genetik plasma nutfah jarak pagar Indonesia menggunakan marka molekuler. Evaluasi dilakukan terhadap 24 aksesi jarak pagar koleksi Kebun Induk Jarak Pagar (KIJP), Pakuwon, Sukabumi menggunakan marka SSR, RAPD, ISSR dan SCAR. Total 28 primer SSR yang digunakan menghasilkan pita monomorf dan homozigot pada aksesi jarak pagar yang diuji. Dari 31 primer RAPD dan ISSR yang digunakan, 8 primer RAPD dan 4 primer ISSR mampu menghasilkan pita DNA yang dapat diskor. Empat primer yaitu UBC 873, OPG 17, OPP 03 dan OPQ 11 menghasilkan 100% pita polimorfis. Koefisien kesamaan genetik berkisar antara paling tinggi 1,0 (antara 3189-2/ PT13-2; MT7-1/ PT15-1; PT3-1, 2555-1/ SP8-1; 2555-1/ PT3-1) hingga paling rendah 0,6 (antara 554-1/HS49-2) dengan rerata 0,9. Persentase polimorfisme paling rendah (0%) yaitu antara 3189-2/PT13-2; MT7-1/ PT15-1; PT3-1, 2555-1/ SP8-1; 2555-1/ PT3-1 dan paling tinggi (55,26%) yaitu antara 554-1/HS49-2 dengan rerata 15,87%. Mengambil batas kesamaan genetik di atas 80%, dendrogram dapat dibagi menjadi 2 klaster di mana satu klaster terdiri satu aksesi yaitu HS 49-2 sedangkan klaster yang lainnya beranggotakan semua aksesi yang lain. Berdasarkan marka SCAR, semua aksesi yang diuji termasuk dalam jarak pagar tipe Meksiko yang tidak beracun. Keragaman rendah dari populasi yang diuji menjadi informasi penting untuk menentukan kebijakan program pemuliaan jarak pagar di masa yang akan datang.

PERANCANGAN PERANGKAT HOST USB UNTUK MENYALIN DATA ANTAR FLASH DISK DENGAN SPESIFIKASI USB 1.0 Asep Setiawan; Yudha Purwanto; Sony Sumaryo
Seminar Nasional Informatika (SEMNASIF) Vol 1, No 2 (2008): Instrumentational And Robotic
Publisher : Jurusan Teknik Informatika

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

USB atau Universal Serial Bus merupakan perangkat komunikasi yang menyediakan bandwidth pengiriman data yang besar dan kecepatan pengiriman data mencapai 480 Mbps. Kecepatan pengiriman data pada USB terdiri dari Low-Speed (1,5 Mbps), Full-Speed (12 Mbps) dan High-Speed (480 Mbps).USB dapat menghubungkan berbagai jenis hubungan, dari sistem analog sampai sistem digital. Aplikasi yang menggunakan USB bermacam – macam, salah satu contohnya adalah Flash Disk. Dengan adanya flash disk ini, user semakin dipermudah dan dimanjakan dengan kapasitas data yang lebih besar dibangdingkan penyimpanan data konvensional (disket), dan dapat langsung dihubungkan melalui komputer (plug and play). Selain itu dengan desain ukuran yang kecil, flash disk dapat dibawa kemana – mana (mobile device). Jadi jika user ingin menyimpan, mengambil dan menyalin data baik itu dari komputer maupun antar flash disk dapat dilakukan dengan mudah. Akan tetapi, jika user ingin menyimpan, mengambil dan menyalin data antar flash disk, dibutuhkan perangkat host untuk mengatur dan mengontrol perpindahan data antar flash disk, perangkat ini tidak lain adalah komputer. Jika tidak ada komputer maka proses perpindahan data antar flash disk tidak akan terjadi.Pada penelitian ini direalisasikan dan dirancang perangkat yang digunakan untuk pertukaran data atau menyalin data antar slave (flash disk) menggunakan komunikasi USB tanpa bantuan komputer. Standar spesifikasi USB yang digunakan pada perangkat ini adalah USB 1.0 atau 1.1 dengan kecepatan pengiriman data sebesar 1,5 Mbps atau 12 Mbps.

Kajian Karakteristik Bangunan Ikonik Pada Gedung Puspa Iptek Kota Baru Parahyangan Erwin Yuniar Rahadian; Fadli Wahab; Hendrik Syaputra; Asep Setiawan
REKA KARSA Vol 1, No 1
Publisher : Institut Teknologi Nasional

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.26760/rekakarsa.v1i1.45

ABSTRAK Perkembangan dunia arsitektur kian pesat ditandai dengan banyak bermunculan bangunan-bangunan arsitektur ikonik di berbagai kota besar dunia. Arsitektur Ikonik merupakan karya arsitektur yang dapat dijadikan sebagai tanda tempat di lingkungan sekitar ataupun karya arsitektur yang menjadi tanda dari era waktu tertentu. Penelitian ini diawali dengan mengkaji bangunan-bangunan ikonik untuk mendapatkan karakteristik umum arsitektur ikonik. karakteristik umum yang didapatkan. Selanjurnya dijadikan dasar dalam melakukan kajian arsitektur ikonik. Bangunan utama yang dikaji adalah bangunan Puspa IPTEK di Kota Baru Parahyangan yang merupakan bangunan jam matahari pertama dan terbesar di Indonesia dan berfungsi sebagai museum ilmu pengetahuan dan teknologi. Teknis pengumpulan data yang digunakan dalam penelitian adalah mengumpulkan data berupa studi literatur, survey lapangan dan wawancara. Dari hasil studi didapatkan bahwa sebuah bangunan disebut sebagai bangunan ikon apabila bangunan tersebut merupakan sesuatu yang baru pada zamannya, berbentuk atraktif, simetris, memiliki proporsi dan skala yang sempurna, ritme pada facade dan membentuk vista secara visual sehingga bangunan Puspa IPTEK Kota Baru Parahyangan dinilai memiliki kriteria sebagai bangunan ikonik dan ikon kawasan Kota Baru Parahyangan Kata Kunci: Arsitektur Ikonik, Karakteristik, Penanda Kawasan

ANALISIS KERAGAMAN GENETIK PLASMA NUTFAH KAKAO (Theobroma cacaoL.) BERDASARKANMARKA SSR / Analysis of Genetic Variability Germplasm of Cacao (Theobroma cacaoL.)Basedon SSR Marker Surti Kurniasih; Rubiyo Rubiyo; Asep Setiawan; Agus Purwantara; Sudarsono Sudarsono
Jurnal Penelitian Tanaman Industri Vol 17, No 4 (2011): Desember 2011
Publisher : Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jlittri.v17n4.2011.156-162

Microsatellite or simple sequence repeat (SSR) markers have proven to be an excellent tool for cultivar identification, pedigree analysis, and genetic distance evaluations among organisms. The objectives of this research were to characterize cacao collection of Indonesian Coffee and Cacao Research Institute (ICCRI) and to analyze their genetic diversity using SSR markers. In this research, 39 SSR primer pairs were used to amplify genomic DNA of 29 cacao clones. Amplified SSR fragments for each primer pair were scored as individual band and used to determine genetic distance among evaluated cacao clones. Results of the experiment indicated that all SSR primer pairs evaluated were able to produce SSR markers for 29 cacao clones. The results also indicated that 34 out of 39 microsatellite loci evaluated were polymorphic, while 5 others were monomorphic. The total number of observed alleles among 29 clones was 132. Number of alleles per locus ranged from 4-8, with an average of 5.5 alelles per locus. Results of data analysis indicated that the PIC value was 0.665, the observed heterozigosity (Ho) was 0.651, and the gene diversity (He) was 0.720. The PIC, Ho, and He values were considered high. Genetic distances were evaluated using NTSys version 2.1 and dendrogram was constructed. Results of analysis indicated that 12 cacao clones evaluated were clustered in the first group with diversity coefficient of < 3.75. Nine cacao clones were in the second group but with the same value of diversity coefficient (<7.50). The rest of the cacao clones were in the third group with diversity coefficient of>7.50. Based on those finding, all SSR primer pairs evaluated could be used to analyze cacao genome and be useful for genetic diversity analysis of cacao germplasm. The SSR marker analysis in ICCRI cacao collections resulted in high PIC, high observed heterozygosity, and high genetic diversity.Key words: Theobroma cacao L, microsatelite, molecular marker, genetic diversity, heterozygosity AbstrakMarka mikrosatelit atau sekuens sederhana berulang (simple sequence repeat = SSR) terbukti merupakan alat yang bagus untuk identifikasi kultivar, analisis pedigree, dan evaluasi jarak genetik berbagai organisme. Penelitian ini bertujuan untuk:1) karakterisasi kakao koleksi Pusat penelitian Kopi dan Kakao Indonesia menggunakan marka SSR dan 2) analisis keragaman genetik klon-klon kakao koleksi dengan menggunakan marka SSR. Dalam penelitian ini, 39 pasangan primer SSR telah digunakan untuk amplifikasi DNA genomik dari 29 klon kakao. Skoring pita SSR hasil amplifikasi menggunakan masing-masing pasangan primer dilakukan secara terpisah dan digunakan untuk menentukan jarak genetik di antara klon kakao yang dievaluasi. Hasil percobaan menunjukkan bahwa semua pasangan primer SSR yang digunakan mampu menghasilkan pita DNA hasil amplifikasi (marka SSR) untuk 29 klon kakao yang diuji. Hasil penelitian juga menunjukkan bahwa 34 dari 39 lokus SSR yang dianalisis bersifat polimorfik sedangkan lima primer yang lain bersifat monomorfik. Dari 29 klon kakao yang dievaluasi, telah berhasil diamplifikasi sebanyak 132 alel, dengan kisaran antara 4-8 alel/lokus. Rataan jumlah alel per lokus sebanyak 5,50. Hasil analisis data yang dilakukan juga menunjukkan nilai PIC untuk marka SSR yang digunakan sebesar 0,665. Untuk populasi klon kakao yang dievaluasi, diperoleh nilai rataan heterosigositas pengamatan (Ho) sebesar 0,651 dan rataan diversitas gen (He) sebesar 0,720. Nilai PIC Ho dan He yang didapat tergolong tinggi. Berdasarkan analisis keragaman dengan menggunakan program NTSys, diperoleh hasil 12 klon kakao berada dalam grup pertama (koefisien keragaman<3,75) dan9 klon berada dalam grup kedua, dengan koefisien keragaman < 7,50. Sedangkan klon-klon lainnya mempunyai koefisien keragaman > 7,50. Berdasarkan hasil penelitian dan analisis data disimpulkan bahwa marka SSR dapat digunakan untuk menganalisis keragaman genetik plasma nutfah kakao. Tingkat polimorfisme yang dihasilkan marka SSR relatif tinggi. Tingkat heterosigositas plasma nutfah kakao koleksi Puslit Kopi dan Kakao Indonesiarelatif tinggi, dan keragaman genetiknyacukup tinggi.Kata kunci : Theobroma cacao L, mikrosatelit, marka molekuler, keragaman genetik, heterosigositas

Genetic Diversity of Indonesian Physic Nut (J. curcas) Based on Molecular Marker Darmawan Saptadi; Rr. Sri Hartati; Asep Setiawan; Bambang Heliyanto; Sudarsono Sudarsono
AGRIVITA, Journal of Agricultural Science Vol 39, No 2 (2017): JUNE
Publisher : Faculty of Agriculture University of Brawijaya in collaboration with PERAGI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.17503/agrivita.v39i2.694

Various reports of molecular genetic diversity evaluation of physic nut (J. curcas) have given inconsistent results. Part of the reasons were because of the used of unrealiable markers. This study was conducted to evaluate genetic diversity of Indonesian physic nut germplasm using four types of molecular markers (RAPD, ISSR, SSR and SCAR markers). Twenty four J. curcas accessions planted in Pakuwon, Sukabumi, with various phenotypes were evaluated. Twenty eight SSR marker loci yielded monomorphic allele pattern and indicated that the evaluated accessions probably were all genetically homogeneous for the respective loci. Eight RAPD and 4 ISSR primers out of the total 31 tested primers produced scoreable markers and some (i.e. UBC 873, OPG 17, OPP 03 and OPQ 11 primers) generated polymorphics markers. Genetic similarity coefficiens among evaluated accessions ranged from 0.6 to 1.0 with a population mean of 0.9 indicating low diversity and narrow genetic background among accessions in all populations. Therefore, breeding program utilizing such population would only result in low genetic gain. Based on the evaluated SCAR markers, all accessions belonged to the non-toxic Mexican type of physic nut. This information is important inputs for designing future physic nut breeding strategies in Indonesia.

PELACAKAN TETUA POPULASI KELAPA DALAM MAPANGET No.32 (DMT-32) MENGGUNAKAN ANALISIS ALIRAN GEN (Gene Flow) BERDASARKAN PENANDA MIKROSATELIT (SSR) DONATA S PANDIN; ALEX HARTANA; HAJRIAL ASWIDINNOOR; ASEP SETIAWAN
Jurnal Penelitian Tanaman Industri Vol 14, No 4 (2008): Desember 2008
Publisher : Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jlittri.v14n4.2008.131-140

ABSTRAKKelapa Dalam Mapanget (DMT) merupakan salah satu kelapadalam unggul produksi dan kadar minyak serta protein yang baik.Beberapa populasi generasi DMT telah diseleksi selama tahun 1957 –1979 menghasilkan populasi DMT 32. Penelitian ini bertujuan untukmelacak tetua melalui aliran gen dalam beberapa generasi populasi kelapaDMT-32 hasil penyerbukan campuran polen, pada taraf DNA berdasarkanpenanda mikrosatelit (SSR). Bahan tanaman yang digunakan dalampenelitian ini adalah populasi hasil penyerbukan kelapa DMT-32 generasikedua (DMT-32 S2), populasi DMT-32 generasi ketiga (DMT-32 S3), danpopulasi DMT-32 generasi keempat (DMT-32 S4) berturut-turut sebanyak9, 40, dan 38 pohon. Analisis hubungan tetua dengan zuriatnya meng-gunakan program komputer CERVUS ver. 2.0. Jumlah primer SSR yangdigunakan sebanyak 19 primer dan 15 di antaranya dapat digunakan untukmelacak tetua dari individu-individu kelapa DMT-32 S3 dan DMT-32 S4.Semua individu DMT-32 S2 menjadi tetua dari individu-individu DMT-32S3, tetapi tidak semua individu DMT-32 S3 menjadi tetua dari DMT-32S4. Hasil pelacakan tetua menunjukkan bahwa 2 pohon DMT-32 S3 yangbenar-benar hasil penyerbukan hasil zigot polen sendiri dari satu pohonkelapa DMT-32 S2 No.8, dan 1 pohon zuriat dari DMT-32 S2 No.3. PadaDMT-32 S4 ada 2 individu pohon yang benar-benar merupakan hasilpenyerbukan zigot polen sendiri pohon DMT-32 S3 No.28, masing-masing1 pohon zuriat dari DMT-32 S3 No.32 dan DMT-32 S3 No.35. DMT-32S2 No.1 merupakan tetua dari 8 individu DMT-32 S3, dan lima darizuriatnya adalah tetua dari 13 individu DMT-32 S4. DMT-32 S2 No. 2adalah tetua dari 9 individu DMT-32 S3 dan empat nomor di antaranyamenjadi tetua dari 14 individu DMT-32 S4. DMT-32 S2 No.3 merupakantetua dari 11 individu DMT-32 S3 dan enam nomor pohon di antaranyamenjadi tetua dari 18 individu DMT-32 S4. DMT-32 S2 No.4 memiliki 5zuriat dan dua nomor pohon di antaranya menjadi tetua dari 7 individuDMT-32 S4. DMT-32 S2 No.5 merupakan tetua dari 10 pohon DMT-32S3 dan enam nomor pohon di antaranya menjadi tetua dari 24 pohonDMT-32 S4. DMT-32 S2 No.6 adalah tetua dari 4 zuriat DMT-32 S3 danhanya satu nomor pohon yang menjadi tetua dari 4 individu pohon DMT-32 S4. DMT-32 S2 No.7 merupakan tetua dari 10 zuriat pohon DMT-32S3, lima di antaranya merupakan tetua dari 20 pohon DMT-32 S4. DMT-32 S2 No.8 memiliki 12 zuriat DMT-32 S3, dan empat di antaranyaadalah tetua dari 15 pohon DMT-32 S4. DMT-32 S2 nomor 9 merupakantetua dari 7 pohon DMT-32 S3, dan empat diantaranya adalah tetua dari17 pohon DMT-32 S4.Kata kunci : Cocos nucifera L, Mapanget Tall Coconut (DMT 32),mikrosatelit, SSR, pelacakan tetuaABSTRACTParentage analysis of Mapanget Tall Coconut No.32 (DMT-32)population via gene flow based on Microsatellite Markers (SSR)Mapanget Tall Coconut (DMT) is one of the superior coconut for itsproduction, coconut oil and protein. Several generation of the DMTpopulation has been selected in 1957 – 1979 producing DMT 32generations. The aim of this research was to analyze the parents ofMapanget Tall Coconut No.32 (DMT-32) in DNA level via gene flowbased on microsatellite markers (SSR). Plant materials used in thisresearch were nine (9) palms of DMT-32 S2, 40 palms of DMT-32 S3 and38 palms of DMT-32 S4. Relationship between parents and progeny wereanalyzed by using CERVUS ver. 2.0 computer program. Among 19 SSRprimers used, 15 of them can be used in parentage analysis of MapangetTall Coconut No.32 of third and fourth generations. All of 9 (nine) palmsof DMT-32 S2 are the parents of DMT-32 S3, but some of those palms ofDMT-32 S3 are not the parents of DMT-32 S4. The result of parentageanalysis showed that two palms of DMT-32 S3 were progeny of selfedDMT-32 S2 No.8, and one palm was progeny of selfed DMT-32 S2 No.3.In DMT-32 S4 there were two palms progeny of DMT-32 S3 No.28 andone palm was progeny of DMT-32 S3 No.32 and DMT-32 S3 No.35respectively. DMT-32 S2 No.1 had 8 progeny in DMT-32 S3 and five ofthose were the parents of 13 individu DMT-32 S4. DMT-32 S2 No. 2 had9 progeny in DMT-32 S3 and four of those were the parents of 14 individuDMT-32 S4. DMT-32 S2 No.3 had11 progeny in DMT-32 S3 and six ofthose were the parents of 18 individu DMT-32 S4. DMT-32 S2 No.4 had 5progeny in DMT-32 S3 and two of those were the parents of 7 individuDMT-32 S4. DMT-32 S2 No.5 had 10 progeny in DMT-32 S3 and six ofthose were the parents of 24 individu DMT-32 S4. DMT-32 S2 No.6 had 4progeny in DMT-32 S3 and only one was the parent of 4 individu DMT-32S4. DMT-32 S2 No.7 had 10 progeny in DMT-32 S3 and five of thosewere the parents of 20 individu DMT-32 S4. DMT-32 S2 No.8 had 12progeny in DMT-32 S3 and four of those were the parents of 15 individuDMT-32 S4. DMT-32 S2 No.9 had 7 progeny in DMT-32 S3 and four ofthose were the parents of 17 individu DMT-32 S4.Key words : Cocos nucifera L, Mapanget Tall Coconut (DMT-32),microsatellite, SSR, parentage analysis

PENGEMBANGAN MARKA SIMPLE SEQUENCE REPEAT UNTUK Jatropha spp. DARMAWAN SAPTADI; R.R. SRI HARTATI; ASEP SETIAWAN; BAMBANG HELIYANTO; SUDARSONO SUDARSONO
Jurnal Penelitian Tanaman Industri Vol 17, No 4 (2011): Desember 2011
Publisher : Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jlittri.v17n4.2011.140-149

ABSTRAKPemuliaan tanaman jarak pagar (Jatropha curcas L.) untukmenghasilkan varietas berdaya hasil dan berkadar minyak tinggi perludilakukan. Penggunaan marka molekuler dapat membantu mempercepattercapainya tujuan pemuliaan tanaman jarak pagar. Marka simple sequencerepeat (SSR) merupakan marka ko-dominan yang efektif untuk mendu-kung program pemuliaan tanaman, tetapi penerapannya pada jarak pagarmasih terbatas. Penelitian yang dilakukan bertujuan untuk : (i) merancangprimer spesifik SSR menggunakan aksesi DNA jarak pagar yang tersediadi GenBank DNA database dan (ii) mengevaluasi efektivitas pasanganprimer yang dirancang untuk menghasilkan marka SSR yang polimorfikuntuk jarak pagar dan J. multifida. Dua puluh delapan pasang primerspesifik SSR telah berhasil dirancang menggunakan aksesi DNA asal jarakpagar yang ada di GenBank DNA database. DNA genomik jarak pagar danJ. multifida yang diisolasi dapat digunakan sebagai templat untukamplifikasi PCR. Dari 28 pasang primer yang dikembangkan, semuanyamampu menghasilkan marka SSR dari genom jarak pagar dan hanya 19pasang primer yang menghasilkan marka SSR dari genom J. multifida.Dari 19 pasangan primer spesifik SSR yang dievaluasi mampu dihasilkan44 alel dengan ukuran produk amplifikasi berkisar antara 100-360 bp.Sebanyak 35 alel (79,5%) yang diamati merupakan alel yang polimorfik.Marka SSR yang didapatkan tidak polimorfik intra-aksesi jarak pagar atauintra-aksesi J. multifida tetapi polimorfik untuk inter-aksesi kedua spesies.Karena marka SSR yang dihasilkan bersifat polimorfik untuk aksesi jarakpagar dengan aksesi J. multifida maka dapat digunakan sebagai markauntuk mendeteksi hasil persilangan F 1 inter-spesies J. curcas x J. multifida.Kata kunci : Jatropha curcas L., jarak pagar, J. multifida, DNA berulang,rancangan primerABSTRACTDevelopment of Simple Sequence Repeat Markers forJatropha spp.Breeding of physic nut (Jatropha curcas L.) to obtain new varietiesthat are high in yield and oil content needs to be conducted. Molecularmarker could be used to assist breeding of physic nut (J. curcas). Simplesequence repeat (SSR) marker is a co-dominant marker and theoretically itcould be used to support physic nut breeding program. However, onlylimited information has been available regarding molecular analysis ofphysic nut. The objectives of this research were: (i) to design SSR specificprimer based on DNA sequences available in the GenBank DNA databaseand (ii) to evaluate effectiveness of the primer pairs to produce polymor-phic SSR markers for J. curcas and J. multifida. Twenty eight primer pairswere designed and developed using physic nut DNA available in theGenBank DNA database. Total genomic DNA isolated from J. curcas andJ. multifida could be used as DNA templates for PCR amplification. Of the28 primer pairs developed in this research yielded SSR marker using J.curcas genomic DNA, while only 19 out of 28 pairs yielded SSR markersusing J. multifida genomic DNA. As many as 44 alleles with the size ofamplified products ranged from 100-360 bp were identified. Thirty fivealleles (79.5%) out of 44 identified ones were polymorphic. Results ofanalysis indicated that identified SSR markers generated using thedesigned primers were not polymorphic intra accession of J. curcas norintra-accession of J. multifida either. However, the generated SSR markerswere polymorphic for inter-accession of the two Jatropha species. Sincethe generated markers were only polymorphic for J. curcas and J.multifida, they could be used as markers for identifying interspecific F 1hybrids derived from crossing between J. curcas and J. multifida.Key words: Jatropha curcas L., physic nut, J. multifida, DNA repeatsequence, primer design

ANALISIS KERAGAMAN GENETIK PLASMA NUTFAH KAKAO (Theobroma cacaoL.) BERDASARKANMARKA SSR / Analysis of Genetic Variability Germplasm of Cacao (Theobroma cacaoL.)Basedon SSR Marker Surti Kurniasih; Rubiyo Rubiyo; Asep Setiawan; Agus Purwantara; Sudarsono Sudarsono
Jurnal Penelitian Tanaman Industri Vol 17, No 4 (2011): Desember 2011
Publisher : Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jlittri.v17n4.2011.156-162

Microsatellite or simple sequence repeat (SSR) markers have proven to be an excellent tool for cultivar identification, pedigree analysis, and genetic distance evaluations among organisms. The objectives of this research were to characterize cacao collection of Indonesian Coffee and Cacao Research Institute (ICCRI) and to analyze their genetic diversity using SSR markers. In this research, 39 SSR primer pairs were used to amplify genomic DNA of 29 cacao clones. Amplified SSR fragments for each primer pair were scored as individual band and used to determine genetic distance among evaluated cacao clones. Results of the experiment indicated that all SSR primer pairs evaluated were able to produce SSR markers for 29 cacao clones. The results also indicated that 34 out of 39 microsatellite loci evaluated were polymorphic, while 5 others were monomorphic. The total number of observed alleles among 29 clones was 132. Number of alleles per locus ranged from 4-8, with an average of 5.5 alelles per locus. Results of data analysis indicated that the PIC value was 0.665, the observed heterozigosity (Ho) was 0.651, and the gene diversity (He) was 0.720. The PIC, Ho, and He values were considered high. Genetic distances were evaluated using NTSys version 2.1 and dendrogram was constructed. Results of analysis indicated that 12 cacao clones evaluated were clustered in the first group with diversity coefficient of < 3.75. Nine cacao clones were in the second group but with the same value of diversity coefficient (<7.50). The rest of the cacao clones were in the third group with diversity coefficient of>7.50. Based on those finding, all SSR primer pairs evaluated could be used to analyze cacao genome and be useful for genetic diversity analysis of cacao germplasm. The SSR marker analysis in ICCRI cacao collections resulted in high PIC, high observed heterozygosity, and high genetic diversity.Key words: Theobroma cacao L, microsatelite, molecular marker, genetic diversity, heterozygosity AbstrakMarka mikrosatelit atau sekuens sederhana berulang (simple sequence repeat = SSR) terbukti merupakan alat yang bagus untuk identifikasi kultivar, analisis pedigree, dan evaluasi jarak genetik berbagai organisme. Penelitian ini bertujuan untuk:1) karakterisasi kakao koleksi Pusat penelitian Kopi dan Kakao Indonesia menggunakan marka SSR dan 2) analisis keragaman genetik klon-klon kakao koleksi dengan menggunakan marka SSR. Dalam penelitian ini, 39 pasangan primer SSR telah digunakan untuk amplifikasi DNA genomik dari 29 klon kakao. Skoring pita SSR hasil amplifikasi menggunakan masing-masing pasangan primer dilakukan secara terpisah dan digunakan untuk menentukan jarak genetik di antara klon kakao yang dievaluasi. Hasil percobaan menunjukkan bahwa semua pasangan primer SSR yang digunakan mampu menghasilkan pita DNA hasil amplifikasi (marka SSR) untuk 29 klon kakao yang diuji. Hasil penelitian juga menunjukkan bahwa 34 dari 39 lokus SSR yang dianalisis bersifat polimorfik sedangkan lima primer yang lain bersifat monomorfik. Dari 29 klon kakao yang dievaluasi, telah berhasil diamplifikasi sebanyak 132 alel, dengan kisaran antara 4-8 alel/lokus. Rataan jumlah alel per lokus sebanyak 5,50. Hasil analisis data yang dilakukan juga menunjukkan nilai PIC untuk marka SSR yang digunakan sebesar 0,665. Untuk populasi klon kakao yang dievaluasi, diperoleh nilai rataan heterosigositas pengamatan (Ho) sebesar 0,651 dan rataan diversitas gen (He) sebesar 0,720. Nilai PIC Ho dan He yang didapat tergolong tinggi. Berdasarkan analisis keragaman dengan menggunakan program NTSys, diperoleh hasil 12 klon kakao berada dalam grup pertama (koefisien keragaman<3,75) dan9 klon berada dalam grup kedua, dengan koefisien keragaman < 7,50. Sedangkan klon-klon lainnya mempunyai koefisien keragaman > 7,50. Berdasarkan hasil penelitian dan analisis data disimpulkan bahwa marka SSR dapat digunakan untuk menganalisis keragaman genetik plasma nutfah kakao. Tingkat polimorfisme yang dihasilkan marka SSR relatif tinggi. Tingkat heterosigositas plasma nutfah kakao koleksi Puslit Kopi dan Kakao Indonesiarelatif tinggi, dan keragaman genetiknyacukup tinggi.Kata kunci : Theobroma cacao L, mikrosatelit, marka molekuler, keragaman genetik, heterosigositas

KERAGAMAN GENETIK, HERITABILITAS, DAN KORELASI ANTAR KARAKTER 10 GENOTIPE TERPILIH JARAK PAGAR (JATROPHA CURCAS L.) R r. SRI HARTATI; ASEP SETIAWAN; BAMBANG HELIYANTO; SUDARSONO SUDARSONO
Jurnal Penelitian Tanaman Industri Vol 18, No 2 (2012): Juni 2012
Publisher : Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jlittri.v18n2.2012.74-80

ABSTRAKUntuk menyusun program pemuliaan jarak pagar berdaya hasiltinggi, diperlukan populasi dasar yang memiliki keragaman genetik yangtinggi terutama pada karakter yang berkaitan dengan daya hasil tanaman.Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi keragaman genetik,heritabilitas, dan korelasi antar karakter genotipe terpilih. Sepuluhgenotipe dievaluasi di Kebun Percobaan Balai Penelitian TanamanRempah dan Aneka Tanaman Industri Pakuwon, Sukabumi mulai bulanAgustus 2009 - Juli 2010. Rancangan lingkungan adalah acak kelompoklengkap dengan 3 ulangan. Setiap unit percobaan terdiri atas 5 tanamanyang ditanam dalam 1 baris dengan jarak antar baris 2 m dan jarak dalambaris 1 m. Evaluasi dilakukan terhadap karakter vegetatif (meliputi tinggitanaman, lingkar batang, lebar kanopi, dan jumlah cabang total), karaktergeneratif (meliputi jumlah cabang produktif, umur mulai berbunga, jumlahtandan bunga, jumah tandan buah, fruit set), serta komponen hasil yaitujumlah buah per tanaman. Hasil penelitian menunjukkan 10 genotipe yangdievaluasi memiliki keragaman genetik yang luas pada karakter generatifumur mulai berbunga, jumlah tandan bunga, jumlah tandan buah, danjumlah buah per tanaman dengan nilai koefisien keragaman genetik(KKG) berturut-turut 21,89; 29,77; 32,08; dan 33,75. Karakter-karakter inimemiliki ragam genetik luas dan heritabilitas dalam arti luas yang tinggisehingga dapat dimanfaatkan sebagai kriteria seleksi. Karakter vegetatifjumlah cabang total memiliki keragaman genetik agak luas, heritabilitastinggi, dan berkorelasi positif dengan jumlah tandan bunga, jumlah tandanbuah, dan jumlah buah per tanaman sehingga dapat dipertimbangkansebagai kriteria seleksi.Kata kunci : Jatropha curcas, keragaman fenotipik, koefisien keragaman,ragam genetik, kriteria seleksiABSTRACTGenetic variability, heritability, and correlation amongcharacters of 10 selected genotypes of physic nut(Jatropha curcas L.)To arrange breeding programme of jatropha high yielding varieties,it is required population base having high genetic variabilities, especiallyin yield components. The objectives of this research were to evaluategenetic variability, heritability estimate, and analyze correlation amongcharacters of 10 physic nut genotypes. Ten Jatropha curcas genotypeswere evaluated at Pakuwon Experimental Station of Indonesian Spice andIndustrial Crops Research Institute, Sukabumi, from August 2009 - July2010. A randomized complete block design with 3 replicates was appliedin this experiment. Each experimental unit consisted of five plants grownin a row with 2 m spacing in line and 1 m in row. The observations weremade for vegetative characters (plant height, stem girth, canopy width, andnumber of total branches per plant), generative characters (days toflowering, number of productive branches, inflorescences, fruit bunchesper plant, and fruit set percentages), and yield component : number of fruitper plant. Results of the experiments indicated that the evaluatedgenotypes had wide genetic variability on several generative characters i.e.days to flowering, number of inflorescences, number of fruit bunches, andnumber of fruits per plant with genotypic variability coefficient (GVC)values of 21.89; 29.77; 32.08; and 33.75, respectively. Their geneticvariabilities were broad and high heritability. The total number of branchesas a vegetative character was fairly wide in genetic diversity, highheritability, and positively correlated with number of inflorescences,bunches, and fruits per plant. These characters can be considered asselection criteria.Key words : Jatropha curcas L., phenotypic variability, coefficient ofvariation, genetic variability, selection criterion

Title

Found 61 Documents
Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title Search

Found 61 Documents Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title

Found 61 Documents
Search