Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2020 - 2025
1.325
P-Index
This Author published in this journals
All Journal HAYATI Journal of Biosciences Jurnal Agronomi Indonesia (Indonesian Journal of Agronomy) Buletin Agrohorti Zuriat Jurnal Natur Indonesia Jurnal Agrista Jurnal Ilmiah Aplikasi Isotop Radiasi Biota: Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Indonesian Journal of Agricultural Science Jurnal AgroBiogen Jurnal Pengkajian dan Pengembangan Teknologi Pertanian Jurnal Penelitian Tanaman Industri Buletin Plasma Nutfah AGRIVITA, Journal of Agricultural Science Jurnal Agro Agrokreatif Jurnal Ilmiah Pengabdian kepada Masyarakat Jurnal Perlindungan Tanaman Indonesia BERITA BIOLOGI JURNAL BIOLOGI INDONESIA JURNAL HAMA DAN PENYAKIT TUMBUHAN TROPIKA Jurnal Penelitian Pertanian Terapan Jurnal Penelitian Pertanian Tanaman Pangan ANNALES BOGORIENSES AGROSAINSTEK: Jurnal Ilmu dan Teknologi Pertanian Jurnal Entomologi Indonesia Menara Perkebunan Floribunda Jurnal Penelitian Tanaman Industri (Littri) Jurnal Pusat Inovasi Masyarakat Makara Journal of Science
HAJRIAL ASWIDINNOOR
Departement Of Agronomy And Horticulture, Faculty Of Agriculture, IPB University (Bogor Agricultural University), Jl. Meranti, Kampus IPB Dramaga, Bogor 16680, INDONESIA
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Chemical Engineering, Chemistry & Bioengineering Chemistry Decision Sciences, Operations Research & Management Earth & Planetary Sciences Economics, Econometrics & Finance Education Engineering Environmental Science Immunology & microbiology Industrial & Manufacturing Engineering Materials Science & Nanotechnology Medicine & Pharmacology Social Sciences

Published : 118 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 118 Documents
Search

 8   9   10   11   12 
Deteksi metilasi DNA genom Elaeis guineensis Jacq hasil kultur jaringan dengan teknik Randomly Amplified Fingerprint (RAF) DNA dan Reverse Phase HPLC (RP-HPLC) Analysis DNA genom methylation of Elaeis guineensis Jacq from tissue culture by Randomly Amplified Fingerprint DNA (RAF) and Reverse Phase HPLC (RP-HPLC) Nurita TORUAN-MATHIUS; Nesti F SIANIPAR; G A WATTIMENA; Hajrial ASWIDINNOOR; Maggy THENAWIDJAYA-SUHARTONO; Gale GINTING
Menara Perkebunan Vol. 76 No. 2: 76 (2), 2008
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v76i2.81

Abstract

Abstract Embryo somatic (ES) abnormalities of  oil palm were probably caused by numbers and location of  DNA genom cytosin methylation. Quantity of methylation could be determined  by Reverse phase HPLC (RP-HPLC) techniques, while location of DNA cytosin methylation was detected by Random Amplified Fingerprint DNA (RAF-DNA) technique. The objective of  this research was to determine numbers  and pattern of DNA cytosin methylation  of normal or abnormal ES and normal ortet as a standard.  DNA genomic of samples were cut by  HpaII and MspI enzymes at  CCGG site, and amplified by RAF. HpaII  cut at  mCCGG  sequences, but if  second C  were methylated  the sequences can not be cut by HpaII.While Msp1 will cut if internal of cytosine was methylated  (CmCGG). The results showed that AB16, AE11, AO12 and  AP12 primers could detect the changes of methylation site on normal ortet and abnormal ES cotyledone.  RP-HPLC analyses showed that DNA cytosin methylation content between ES globular and ES cotyledone, both normal and abnormal  and also normal plantlet and ortet were unsignificantly different. DNA methyl content was around   0.25 – 2.72 %. Internal and fully methylation was found on 124 – 457 bp. Abnormal ES  of MK638 clone showed the hipomethylation pattern. It was concluded that methylation cytosine content was very low and it seems that DNA methylation undirectly  affects on process of morphology abnormalities.  Abnormalities of ES globular and cotyledone might be caused by the change of  DNA genom sequences. Abstrak Abnormalitas pada embrio somatik (ES) tanaman kelapa sawit diduga disebabkan oleh kandungan serta lokasi terjadinya metilasi sitosin DNA genom. Kandungan metilasi dapat ditetapkan dengan teknik Reverse Phase HPLC (RP-HPLC), sedang lokasi terjadinya  metilasi sitosin DNA genom ES dapat dideteksi dengan teknik Random Amplified Fingerprint DNA (RAF-DNA). Tujuan penelitian ini adalah untuk menetapkan pola metilasi sitosin DNA genom ES kotiledon normal dan abnormal, sebagai pembanding adalah ortet yang normal.  DNA genom contoh dipotong dengan enzim HpaII dan MspI yang mengenali situs CCGG, selanjutnya diamplifikasi dengan RAF. Enzim HpaII memotong sekuen mCCGG tetapi jika C kedua mengalami metilasi sekuen tersebut tidak terpotong. Msp1 akan memotong apabila sitosin internal termetilasi (CmCGG). Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa terjadi perubahan  situs metilasi antara ortet  normal dan ES kotiledon abnormal. Perubahan situs metilasi sitosin dapat dibedakan dengan primer RAF, yaitu AB16, AE11, AO12 dan AP12.  Hasil analisis RP-HPLC menunjukkan bahwa perbedaan kandungan metilasi sitosin DNA ES globular maupun kotiledon masing-masing antara yang normal dan abnormal, serta antara planlet dan ortet normal sangat kecil. Kandungan metil sitosin berkisar antara 0,25 – 2,72 %. Tampak bahwa pada 124 - 457 pb terjadi metilasi internal, eksternal maupun metilasi penuh. Pada ES abnormal klon MK638 menunjukkan terjadi hipometilasi sitosin.  Perbedaan kandungan  metilasi sitosin yang sangat kecil diduga tidak berpengaruh langsung terhadap proses abnormalitas. Abnormalitas yang terjadi pada ES globular dan kotiledon kemungkinan akibat terjadinya perubahan sekuens DNA genom. 
Aktivitas ACCase mesokarp kelapa sawit dan kloning fragmen gen penyandi ACCase subunit biotin karboksilase ACCase activity of oil palm mesocarp and cloning of gene fragment encoding biotin carboxylase subunit of ACCase Asmini BUDIANI; Djoko SANTOSO; Hajrial ASWIDINNOOR; Antonius SUWANTO
Menara Perkebunan Vol. 74 No. 1: 74 (1), 2006
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v74i1.119

Abstract

Summary Genetic engineering to produce high yielding oil palm might be done by over expressing gene encoding key enzyme for oil biosynthesis in the oil palm mesocarp, one of which is ACCase. The objective of this research was to analyze ACCase activity of mesocarp from several developmental stages of fruit and to clone conserved region cDNA of gene encoding biotin carboxylase subunit of ACCase (BC-htACCase) from oil palm mesocarp. Activity of ACCase was analyzed by HPLC. Amplification of cDNA was done by means of reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) using degenerate heterologous primer on several annealing temperature and MgCl2 concentration. The cDNA fragment of RT-PCR product was cloned, sequenced and analyzed to confirm that the cloned cDNA was conserved region of BC-htACCase. The result showed that ACCase activity increased from the 14 week to the 20 week-old fruit, and then decreased. Using heterologous degenerate primers, cDNA fragments of BC-htACCase conserved region (469 bp) can be specifically amplified at 60 oC annealing temperature with 2 mM MgCl2 concentration.The result of BlastX analysis showed that the sequence of cloned cDNA fragment was highly homologous with the conserved region of BC-htACCase from Glycine max, Arabidopsis thaliana, Nicotiana tabacum,  and Brassica napus with 243, 237, 236, 231 bit score, and E. value 2e-63, 1e-61, 2e-61 and 5e-60, respectively. Ringkasan Rekayasa genetika untuk menghasilkan bibit kelapa sawit berdaya hasil tinggi dapat ditempuh dengan meningkatkan ekspresi gen penyandi enzim kunci biosintesis minyak pada kelapa sawit, salah satunya adalah ACCase. Tujuan penelitian ini adalah menguji aktivitas ACCase mesokarp beberapa tahap perkem-bangan buah sawit dan mengklon fragmen cDNA daerah konservatif gen penyandi ACCase heteromerik subunit biotin karbok-silase (BC-htACCase) dari mesokarp buah sawit. Aktivitas ACCase dianalisis dengan HPLC. Amplifikasi cDNA dilakukan dengan teknik RT-PCR menggunakan primer degene-rate heterologus pada berbagai suhu penempelan dan konsentrasi MgCl2. Fragmen cDNA hasil RT-PCR diklon, disekuen dan dianalisis untuk mengkonfirmasi bahwa cDNA terklon adalah daerah konservatif BC-htACCase. Hasil penelitian menunjukkan bahwa aktivitas ACCase meningkat dari buah berumur 14 minggu hingga buah berumur  20 minggu, kemudian menurun kembali Dengan primer degenerate heterologus, fragmen cDNA daerah konservatif BC-htACCase  (469 pb) dapat diamplifikasi secara spesifik pada suhu penempelan 60 oC dan konsentrasi MgCl2 2 mM. Hasil analisis BlastX dari sekuen DNA fragmen terklon menunjuk-kan bahwa sekuen tersebut mempunyai homologi tinggi antara lain dengan gen penyandi BC-htACCase dari Glycine max, Arabidopsis thaliana, Nicotiana tabacum dan Brassica napus, masing-masing dengan skor 243, 237, 236, 231 bit, dan E. value 2e-63, 1e-61, 2e-61 dan 5e-60.
Deteksi dan analisis sekuen gen inhibitor proteinase pada beberapa klon kakao harapan tahan penggerek buah kakao dari Sulawesi Selatan Detection and sequence analysis of proteinase inhibitor gene in cacao clones putatively cacao pod borer-tolerant from South Sulawesi Abdul Mollah S. JAYA; Hajrial ASWIDINNOOR; Djoko SANTOSO
Menara Perkebunan Vol. 72 No. 1: 72 (1), 2004
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v72i1.124

Abstract

Summary Cacao is socially and economically an important commodity for Indonesia, in which the cacao plantations have been challenged with a threatening pest, cacao pod borer (CPB). This research aimed to identify and clone PIN (proteinase inhibitor), a gene carrying resistance of plant to some chewing pests like CPB. The methodology included several experiments. Detection of PIN in cacao was done by PCR using PIN-specific heterologous primers and cacao genomic DNA as templates. Cloning vector pGEM-T was utilized to clone the PCR products. Sequence analysis was conducted with BlastX and Blast Special programs from NCBI. Alignment analysis to determine genetic similarity was performed with ClustalW from EBI. Thirteen of the 18 clones tested were detected to have PIN homologs. Two DNA fragments from cacao clones putatively tolerant to CPB, MJ-1 and LW-1, were sequenced. One of them, MJ-1 was cloned. Sequence analyses of the fragments of both cacao clones, indicated that they have PIN homologs and a very closed genetic relation with 96% level of similarity. Ringkasan Kakao adalah komoditas yang secara sosial maupun ekonomi penting bagi Indonesia, dimana perkebunan kakao menghadapi masalah serius hamapenggerek buah kakao (PBK). Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi dan mengklon PIN (inhibitor proteinase), gen yang membawa sifat ketahanan tanaman terhadap hama ulat seperti PBK. Metodologinya terdiri dari beberapa percobaan. Deteksi PIN di dalam kakao dikerjakan dengan PCR menggunakan primer heterologous yang spesifik terhadap PIN dan DNA genomik kakao sebagai templetnya. Vektor kloning pGEM-T digunakan untuk mengklon produk PCR. Analisis sekuen dilakukan dengan program BlastX dan Blast spesial dari NCBI. Analisis penjajaran (alignment) untuk menentukan kemiripan genetik menggunakan program ClustalW dari EBI. Tiga belas dari 18 klon kakao yang diuji  menunjukkan adanya  homolog  PIN. Dua DNA fragmen dari klon harapan tahan, MJ-1 dan LW-1, telah ditentukan sekuen nukleotidanya. Satu diantara-nya, MJ-1 berhasil diklon. Analisis sekuen  kedua klon tersebut menunjukkan identitas sebagai homolog PIN dan keduanya memiliki kemiripan genetik yang tinggi.
Kloning parsial gen penyandi enoil-ACP reduktase dari mesokarp buah kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Partial cloning of gene encoding enoyl-ACP reductase from mesocarp of oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) Asmini BUDIANI; Djoko SANTOSO; Hajrial ASWIDINNOOR; Antonius SUWANTO
Menara Perkebunan Vol. 72 No. 1: 72 (1), 2004
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v72i1.126

Abstract

Summary Enoyl-ACP reductase (ENR) is a component of fatty acid synthase (FAS) that is considered to play an important role in fatty acid elongation and oil accumulation of several plants. One of the proteins expressed coinciding with fruit development and oil accumulation in oil palm has been detected from the previous study and had homology with ENR. Therefore, as a part of genetic engineering program to improve oil content and quality in oil palm mesocarp, this research was aimed to clone cDNA conserved region of gene encoding enoyl-ACP reductase from oil palm mesocarp. Based on the amino acid sequence of the polypeptide that was homologous with ENR and combined with information of conserved region sequences of the same gene from other plant sources, primers were designed for amplifying conserved region of the ENR gene. Amplifi-cation was carried out by RT-PCR using total RNA as template, at several annealing temperatures and MgCl2 concentrations. Amplification product was cloned using pCR 2.1-TOPO, and the sequence was subjected into BlastN analysis. The results confirmed that the cloned cDNA fragment with 698 bp in size was the conserved region of the ENR gene.  This sequence was highly homologous with the same gene from other plants such as Oryza sativa, Olea europaea, Brassica napus, Triticum aestivum and Arabidopsis thaliana with E-value 1e-96, 7e-77, 2e-64, 5e-41 and 3e-36, respectively. Based on this result, primers have been made and used to amplify the 5’- and 3’ ends of the ENR -cDNA  of oil palm mesocarp. Ringkasan Enoil-ACP reduktase (ENR) merupakan salah satu komponen asam lemak sintase (FAS) yang berperan penting dalam pemanjangan asam lemak dan akumulasi minyak pada berbagai tanaman. Salah satu protein yang ter-ekspresi sejalan dengan tahapan perkembangan buah sawit dan akumulasi minyak pada penelitian sebelumnya diketahui mempunyai homologi dengan ENR. Oleh karena itu, sebagai salah satu bagian dari usaha rekayasa metabolisme minyak pada mesokarp buah sawit, penelitian ini bertujuan untuk mengklon cDNA daerah konservatif gen penyandi ENR dari mesokarp buah sawit. Berdasarkan  sekuen asam amino polipeptida yang mempunyai homologi dengan ENR dan dikombinasikan dengan hasil penjajaran daerah konservatif gen tersebut dari berbagai anaman lain, dirancang primer  untuk  amplifikasi daerah konservatif ENR. Amplifikasi dilakukan dengan RT-PCR menggunakan templat RNA total pada berbagai suhu   penempelan   dan   konsentrasi    MgCl2. Hasil amplifikasi dimurnikan dari gel dan diklon menggunakan vektor kloning pCR2.1-TOPO serta dianalisis nya menggunakan BlastN. Hasilnya mengkonfirmasi fragmen cDNA terklon berukuran 698 pb sebagai daerah konservatif ENR tersebut mempunyai homologi tinggi dengan gen yang sama dari    O. sativa,  O. europaea, B. napus, T. aestivum dan  A. thaliana masing-masing dengan E-value 1e-96, 7e-77, 2e-64, 5e-41 dan 3e-36. Berdasarkan hasil tersebut telah dibuat primer spesifik untuk amplifikasi cDNA daerah ujung 5’- dan 3’- gen  ENR dari mesokarp kelapa 
Keragaman genetik klon-klon karet (Hevea brasiliensis Muell. Arg) yang resisten dan rentan terhadap Corynespora casiicola berdasarkan penanda RAPD dan AFLP Genetic variation of rubber ( Hevea brasiliensis Muell. Arg) clones resistance and susceptible to Corynespora cassiicola using RAPD and AFLP markers Nurita TORUAN-MATHIUS; Z LALU; . SOEDARSONO; Hajrial ASWIDINNOOR
Menara Perkebunan Vol. 70 No. 2: 70 (2), 2002
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v70i2.127

Abstract

SummaryCorynespora leaf fall disease (CFLD) caused by the fungus Corynespora casiicola is one of the most important diseases of Hevea brasiliensis.CFLD was reported to cause serious damage on rubber productivity, and the disease has became more apparent in the recent years. The objectives of this study were (i) to analyze genetic similarities among several rubber clones resistance and susceptible to CFLD based on RAPD and AFLP markers, (ii) to compare the effectiveness of RAPD and AFLP markers. DNA genomic was extracted from young leaves of RRIM600, GT1, PB260, RRIC100, BPM1 (belongs to resistance group), PPN2058, PPN2444, and PPN2447 (belongs to susceptible group). Data were analyzed with NTSYS-pc program version 2.10, and a dendogram was created by cluster analysis using the unweighted pair group method on the basis of arithmetic averages (UPGMA). The results show that marker index AFLP (3.57) is higher than RAPD (1.02), it means that AFLP is more effective compared to RAPD. The average of genetic similarity AFLP (0.63) lower than RAPD (0.67) it means that AFLP is more discriminative than RAPD. Dendogram based on AFLP and RAPD were the best with at 0.65 level of genetic similarity cluster divided into two cluster A and B. Cluster A with a sub group A1 consisted of RRIC100, PPN2058 and PPN244 are belongs to resistance group), and sub group A2 consisted of (RRIM600, GT1, BPM1 and PB 260 are belongs to susceptible group), while cluster B only PPN2447 is belong to susceptible group. AFLP analysis show that one AFLP band of 110 bp resulting from PCR amplification using E-ACA/M-CAG (E-ACA/M-CAG110) primer pairs present in resistance clones, but absent in the susceptible clones. Meanwhile, application of 50 random primers decamer in RAPD analysis did not showed the specific band for either one of the group. It is concluded that AFLP marker analysis using EACA/M-CAG primer pair have a potential to differentiate resistance and the susceptible rubber clones to Corynespora. For the confirmation of the results more resistance and susceptible clones are needed for further test. RingkasanPenyakit gugur daun Corynespora (PDGC) yang disebabkan oleh patogen Corynespora asiicola, merupakan salah satu penyakit penting pada tanaman karet (Hevea brasiliensis). PGDC menyebabkan penurunan yang cukup serius terhadap produktivitas tanaman karet. Tujuan penelitian ini adalah untuk (i) mengidentifikasi kesamaan genetik antar beberapa klon yang tergolong tahan dan rentan dengan marka RAPD dan AFLP, dan (ii) mempelajari efektivitas kedua marka tersebut. DNA genomik diekstraksi dari daun muda klon RRIM600, GT1, PB260, BPM1, RRIC100 (tergolong resisten), PPN2058, PPN2444, dan PPN2447 (tergolong rentan ). Data dianalisis dengan NTSYS-pc program versi 2.10. Dendogram dibuat dengan analisis pengelompokan menurut metode Unweighted Pair Group berbasis Arithmetic Avarages (UPGMA). Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa marka indeks AFLP (3,57) lebih tinggi daripada RAPD (1,02), sehingga AFLP lebih efektif dibandingkan dengan RAPD. Rata-rata perkiraan kesamaan genetik AFLP (0,63) sedikit lebih rendah dari RAPD (0,67) sehingga AFLP relatif lebih diskriminatif daripada RAPD. Dendogram berdasarkan integrasi AFLP dan RAPD adalah yang paling baik, dimana pada rata-rata perkiraan kesamaan genetik (0,65) terbentuk dua kelompok yaitu A dan B. Kelompok A terdiri atas sub sub kelompok A1 yang beranggotakan (RRIC100, PPN2058 dan PPN244 yang tergolong resisten), dan sub group A2 yang beranggotakan (RRIM600, GT1, BPM1 dan PB 260 yang tergolong rentan) Sedang kelompok B beranggotakan hanya PN2447 yang tergolong rentan. Analisis AFLP menghasilkan satu pita AFLP dengan menggunakan pasangan primer EACA/M-CG (E-ACA/M-CAG110 ) secara konsisten diperoleh dari klon karet yang resisten, namun tidak ditemukan pada klon yang rentan. Sementara itu, aplikasi 50 primer acak dekamer dalam analisis RAPD tidak menghasilkan pita spesifik untuk kedua kelompok yang diuji. Disimpulkan bahwa analisis AFLP menggunakan pasangan primer EACA/M-CAG berpotensi untuk membedakan klon karet yang resisten dan rentan terhadap Corynespora. Untuk mengkorfirmasi hasil yang diperoleh, perlu dilakukan pengujian terhadap klon-klon yang resisten dalam jumlah yang lebih banyak
Konstruksi pustaka cDNA dari daun klon karet AVROS 2037 yang diinfeksi patogen Corynespora cassiicola Construction of a cDNA library from leaf of AVROS 2037 rubber clone infected by Corynespora cassiicola pathogen . NURHAIMI-HARIS; Hajrial ASWIDINNOOR; Antonius SUWANTO; Maggy T. SUHARTONO; Nurita TORUAN-MATHIUS; Agus PURWANTARA
Menara Perkebunan Vol. 73 No. 2: 73 (2), 2005
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v73i2.156

Abstract

SummaryConstruction of cDNA library derived fromtranscripts made under certain condition is animportant first step to understand diseaseresistant mechanisms. To identify rubber genesor transcripts involved in defense responsetoward Corynespora cassiicola, cDNA librarywas constructed using rubber clone AVROS2037, one of resistant clone to this pathogen.cDNA library was constructed based on thestrategy of leaves infection using conidia, withthe assumption that transcript expression relatedto defense response would be induced bypathogen infection. RNA was isolated from leavesthree days after inoculation with conidia ofC. cassiicola. Steps involved in the cDNA libraryconstruction were RNA isolation, mRNApurification, cDNA synthesis, vector modifcation,cDNA insert ligation, plasmid transformation andclone verifications. Each gram of leaf producedapproximately 300  g RNA, and 0.25% of themwas mRNA. The mRNA was used to synthesizedcDNA. Ligation of cDNA and modified vectorwas facilitated by restriction enzyme SfiI. Theconstructs were transformed into the E. coliDH5 competent cells. A total of 8000 colonieswere produced. Random examination of 270colonies showed that approximately 93% of thesecolonies carried plasmid vector with DNA insertsize of 200 – 2000 bp, with average size of 500 –800 bp. cDNA library construction of rubberleaves from AVROS 2037 clone as well as somenecessary modification steps are presented in thispaper.RingkasanKonstruksi pustaka cDNA yang me-ngandung transkrip yang diekspresikan dalamkondisi tertentu merupakan tahap awal yangsangat penting dalam berbagai studi biologi.Untuk mengidentifikasi gen karet atau transkripyang berperan dalam respons pertahanan tanamankaret terhadap Corynespora cassiicola, pustakacDNA dibuat dengan menggunakan daun klonAVROS 2037 yang merupakan salah satu klonresisten terhadap patogen tersebut. PustakacDNA dibuat berdasarkan strategi menginfeksidaun dengan konidia C. cassiicola denganpertimbangan bahwa ekspresi transkrip yangberperan dalam respons pertahanan akandiinduksi oleh adanya infeksi patogen. Dengandemikian pustaka cDNA yang dibuat diharapkanmengandung gen atau bagian gen yang ber-hubungan dengan respons pertahanan. RNAdiisolasi dari daun setelah daun diinokulasiselama tiga hari dengan konidia C. cassiicola.Beberapa tahapan telah dilakukan, dimulaidengan isolasi RNA, pemurnian mRNA, sintesiscDNA, modifikasi vektor kloning, ligasi fragmencDNA utas ganda dengan vektor kloning sertatransformasi hasil ligasi ke bakteri Escherichiacoli DH5 kompeten. Dari setiap gram jaringandaun berhasil diisolasi RNA sekitar 300 g, dandari jumlah tersebut sekitar 0,25% mRNA dapatdiisolasi. mRNA yang diisolasi digunakan untuksintesis cDNA. cDNA dipotong dengan enzimrestriksi SfiI dan diligasi ke vektor plasmid yangdimodifikasi dengan menyisipkan situs enzimSfiI. cDNA-vektor rekombinan ditransformasi kedalam sel bakteri E. coli DH5 kompeten meng-gunakan metode standar. Transformasi konstrukini menghasilkan 8.000 koloni. Pengujian PCRterhadap 270 koloni yang dipilih secara acakmengindikasikan bahwa sekitar 93% kolonitersebut membawa cDNA sisipan dengan ukuranfragmen cDNA yang menyisip berkisar antara200 sampai 2000 bp. cDNA sisipan terbanyakterdapat pada ukuran antara 500 – 800 bp. Dalamtulisan ini dibahas tahap demi tahap proses yangdilakukan untuk membuat pustaka cDNA asaldaun karet klon AVROS 2037 serta beberapamodifikasi yang diperlukan.
Respons tanaman kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq) terhadap cekaman kekeringan Respons of oil palm (Elaeis guineensis Jacq) to water stress Nurita TORUAN-MATHIUS; Gede WIJANA; Edi GUHARJA; Hajrial ASWIDINNOOR; Sudirman YAHYA; . SUBRONTO
Menara Perkebunan Vol. 69 No. 2: 69 (2), 2001
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v69i2.166

Abstract

SummaryWater stress affect many physiological andbiochemical processes of oil palm. A series ofexperiments were conducted to characterize thewater stress-induced changes in physiologicalrespons of oil palm to water stress, in glass housecondition. The experiment consisted of (1)permanent leaf wilting point measured based onsoil water content, leaf water content, specificleaf area and leaf water potential . Plants wereconducted by termination of watering to theplants, and control plants were maintained wellwatered during 0,3,6,9,12,15,18 and 21 days ofMK356 and MK365 clones. Experiment (2)effect of water stress on changes of leaf waterpotential, protein bands pattern, proline,glycine-betaine, osmotical sugar, and abcisicacid (ABA) of MK356 and MK365 clones.Water stress was induced by termination ofwatering to the plants and maintained wellwatered during 0, 7,14, and 18 days.Experiment (3) changes of protein bands patternby total protein and electrophoresis SDS-PAGEand SDS-PAGE 2D protein. of H2(D10DxD8D)x(L9TxL2T); H12 (D8D Self) x(L9T x L2T). H3 and H9 (BJ028D x BJ2117P)hybrids. H2 and H12, H3 and H9 potentiallytolerant and untolerant to water stress,respectively. The results showed that permanentwilting point reached in 18 days of water stress.Water stress caused the decreased soil watercontent, leaf water potential, leaf water content,relative leaf water content , and relative leafarea of two clones. Water potential, leaf watecontent dan relative leaf water content ofMK365 decrease faster compare with MK356.Soil water content sharply decrease after 6 hoursand in 18 days of water stress leaf waterpotential value < - 2.55 Mpa. Proline, glycine-betaine and glucose content were affect by waterstress. Interaction among water stress and cloneswere significantly appear in stachiose content.Leaf water potential values decrease, whereasproline, ABA and glycine-betaine contentsincrease during water stress especially inMK356. Generally showed that ABA content inMK356 higher than MK 365. The differencesresponses of MK356 with MK 365 obtained fromprolin,xylose and ABA content. Induction of newprotein pI 4.7-36 kDa, pI5.3-34 kDa, pI 4.6-32kDa and pI 5.3-36 kDa obtained from hybridspotentially tolerant to water strees, none inuntolerant hybrids.RingkasanCekaman kekeringan mempengaruhiproses fisiologis dan biokimia tanaman kelapasawit. Serangkaian percobaan bertujuan untukmengkarakterisasi perubahan fisiologis tanamankelapa sawit terhadap cekaman kekeringan,dalam kondisi rumah kaca telah dilakukan.Percobaan terdiri atas (1) penetapan titik layupermanen, berdasarkan perubahan potensial airdaun, kadar air daun, kadar air daun relatif, danluas daun relatif dengan perlakuan tanpa dandengan penyiraman selama 0, 3, 6, 9, 12, 15, 18dan 21 hari. Percobaan (2) penetapan perubahankadar prolin, glisin-betain, gula-gula osmotikaldan asam absisik (ABA), terhadap cekamankekeringan. Perlakuan adalah tanpa dan denganpenyiraman selama 0, 7, 14, dan 18 hari.Percobaan (3) analisis perubahan pola pita proteindaun hibrida H2 (D10DxD8D)x(L9TxL2T); H12(D8D Self) x (L9T x L2T). H3 dan H9 (BJ028Dx BJ2117P) terhadap cekaman kekeringan dengantotal protein, dan pola pita protein dengan SDSPAGE dan SDS-PAGE 2D. H2 dan H12 serta H3dan H9 masing-masing berpotensi toleran danpeka terhadap cekaman kekeringan. Hasil yangdiperoleh menunjukkan bahwa titik layupermanen dicapai pada hari ke 18 setelah dibericekaman kekeringan. Cekaman kekeringanmenurunkan kadar air tanah media tumbuh,potensial air daun, kadar air daun, kadar air daunrelatif, dan luas daun relatif untuk kedua klon.Potensial air daun, kadar air daun dan kadar airdaun relatif klon MK365 menurun lebih cepatdibandingkan dengan klon MK356. Kadar airtanah menurun tajam setelah 6 hari dibericekaman air dan potensial air daun mencapai<-2.55 MPa pada 18 hari setelah diberi cekaman.Cekaman kekeringan nyata berpengaruh terhadapkadar prolin, glisin betain dan glukosa. Interaksiantar lama cekaman kekeringan dan perbedaanklon diperoleh pada perubahan gula stahiosa.Tampak bahwa semakin menurun nilai potensialair daun menyebabkan kadar prolin semakinmeningkat. Hal yang sebaliknya terjadi terhadapkadar glisin-betain yang mengalami penurunanterutama untuk klon MK356. Kadar ABAMK356 dan MK365 meningkat sejalan dengansemakin lama diberi cekaman. Secara umumtampak bahwa kadar ABA pada MK356 lebihtinggi dibandingkan dengan MK 365. Perbedaanrespons klon MK356 dengan MK 365 terjadipada kadar prolin, gula silosa dan ABA.Hibridaberpotensi toleran memberikan respon terhadapcekaman kekeringan dengan menginduksi proteinbaru pI 4,7-36 kDa, pI5,3-34 kDa, pI 4,6-32 kDadan pI 5,3- 36 kDa, sedangkan pada hibridayang berpotensi peka protein tersebut tidakditemukan
Kemiripan genetik klon karet (Hevea brasiliensis Muell. Arg.) berdasarkan metode Amplified Fragment Length Polymorphisms (AFLP) Genetic similarity of rubber clones (Hevea brasiliensis Muell. Arg) based on Amplified Fragment Length Polymorphisms (AFLP) method . NURHAIMI-HARIS; Hajrial ASWIDINNOOR ASWIDINNOOR; Nurita TORUAN-MATHIUS; Agus PURWANTARA
Menara Perkebunan Vol. 71 No. 1: 71 (1), 2003
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v71i1.180

Abstract

Summary   Genetic similarity among ten rubber clones originating from the Wickham collection was studied by Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) markers.  These clones have different levels of resistance to Corynespora cassiicola, one of the major pathogens in rubber plantations.  The information resulted from this study will be used to determine resistant and susceptible clones which will be used in expression study of the genes encoding plant resistance to C. cassiicola.  Genetic similarity values of clones were calculated from all AFLP markers and used to produce a dendrogram using Unweight Pair-Group Method Arithmetic (UPGMA) based on Numerical Taxonomy and Multivariate System (NTSYS) version  1.8 pc.  A total of 481 fragments were detected by using ten pairs of selective AFLP primers, and 233 fragments (48,4 %) of them were polymorphic.  The results clearly demonstrated that genetic background of these ten clones were 85.5% similar.  At 88.0% similarity level, the clones could be divided into three clusters.  Genetic similarity of IRR 100 (resistant clone) with RRIC 103, PPN 2444 and IAN 873 (susceptible clones) was 90.5, 89.5 and 89.0% respectively, while genetic similarity of other three resistant clones (AVROS 2037, PR 255 and BPM 1) to those susceptible clones was 88.0%.  The lowest genetic similarity (85.5%) was found between RRIC 100 (resistant clone) and those three susceptible clones. By considering the distribution and the source of clones, AVROS 2037 (resistant) and PPN 2444 (susceptible) clones which have 88.0% genetic similarity  will finally  be selected for the expression study of the genes.  Kemiripan genetik sepuluh klon karet yang berasal dari koleksi Wickham dipelajari dengan menggunakan marka Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP).  Kesepuluh klon tersebut memiliki tingkat resistensi berbeda terhadap Corynespora cassiicola, salah satu cendawan patogen penting pada daun tanaman karet. Informasi yang diperoleh dalam penelitian ini akan digunakan untuk menetapkan klon resisten dan klon rentan untuk digunakan dalam mempelajari ekspresi gen yang menyandikan ketahanan tanaman karet terhadap C. cassiicola.  Nilai kemiripan genetik kesepuluh klon karet dihitung berdasarkan semua marka AFLP yang diperoleh dan selanjutnya digunakan untuk. membuat dendrogram dengan menggunakan Unweight Pair-Group Method Arithmetic (UPGMA) berdasarkan Numerical Taxonomy and Multivariate System (NTSYS) version 1.8 pc.  Dengan menggunakan 10 pasang primer AFLP selektif diperoleh sebanyak 481 fragmen DNA, S 2037, PR 255 and BPM 1) to those susceptible clones was 88.0%.  The lowest genetic similarity (85.5%) was found between RRIC 100 (resistant clone) and those three susceptible clones. By considering the distribution and the source of clones, AVROS 2037 (resistant) and PPN 2444 (susceptible) clones which have 88.0% genetic similarity  will finally  be selected for the expression study of the genes. 233 fragmen (48,4 %) di antaranya polimorfik    Dendrogram  dengan nyata menunjukkan bahwa 85,5% latar belakang genetik kesepuluh klon karet tersebut adalah sama, dan pada tingkat 88,0% kesepuluh klon terpisah dalam tiga kelompok.  Kemiripan genetik klon IRR 100 (resisten) dengan klon rentan RRIC 103, PPN 2444 dan IAN 873 masing-masing adalah 90,5, 89,5 dan 89,0%,  sedangkan kemiripan genetik tiga klon resisten lainnya (AVROS 2037, PR 255 dan BPM 1) dengan ketiga klon rentan yang sama adalah 88,0%.  Kemiripan genetik terendah (85,5%) terdapat antara klon RRIC 100 (resisten) dengan ketiga klon rentan tersebut.  Dengan mempertimbangkan distribusi penyebaran klon dan asal klon maka klon resisten AVROS 2037 dan klon rentan PPN 2444 yang memiliki kemiripan genetik 88,0% akan dipilih untuk digunakan dalam studi ekspresi gen tanaman karet. acerun:yes'>  Kesepuluh klon tersebut memiliki tingkat resistensi berbeda terhadap Corynespora cassiicola, salah satu cendawan patogen penting pada daun tanaman karet. Informasi yang diperoleh dalam penelitian ini akan digunakan untuk menetapkan klon resisten dan klon rentan untuk digunakan dalam mempelajari ekspresi gen yang menyandikan ketahanan tanaman karet terhadap C. cassiicola.  Nilai kemiripan genetik kesepuluh klon karet dihitung berdasarkan semua marka AFLP yang diperoleh dan selanjutnya digunakan untuk. membuat dendrogram dengan menggunakan Unweight Pair-Group Method Arithmetic (UPGMA) berdasarkan Numerical Taxonomy and Multivariate System(NTSYS) version 1.8 pc.  Dengan menggunakan 10 pasang primer AFLP selektif diperoleh sebanyak 481 fragmen DNA, S 2037, PR 255 and BPM 1) to those susceptible clones was 88.0%.  The lowest genetic similarity (85.5%) was found between RRIC 100 (resistant clone) and those three susceptible clones. By considering the distribution and the source of clones, AVROS 2037 (resistant) and PPN 2444 (susceptible) clones which have 88.0% genetic similarity  will finally  be selected for the expression study of the genes.   
Co-Authors , Rusdiansyah , Santoso , Supartopo , Susilawati , Suwarno , Suwarno , Tasliah . Jumanto . NURHAIMI-HARIS . Soedarsono . SUBRONTO . Sudarsono . SUWARNO A. Dinar Ambarwati A. Hairmansis A. Hairmansis Abdul Mollah S. JAYA Abdullah, Buang Agus PURWANTARA Agus Purwito Agus Rachmat Agus Rachmat AHMAD JUNAEDI AHMAD RIDUAN Ahmad Rifqi Fauzi Alberta Dinar Ambarwati Alberta Dinar Ambarwati Alberta Dinar Ambarwati ALEX HARTANA ALEX HARTANA ALEX HARTANA Ambarwati, Alberta Dinar Ambarwati, Alberta Dinar Amris Makmur Angelita P. Lestari ANGELITA PUJI LESTARI Angelita Puji Lestari Angelita Puji Lestari Angelita Puji Lestari Angelita Puji Lestari Angelita Puji Lestari Antonius Suwanto Aris Hairmansis Aris Hairmansis ASEP SAEFUDDIN Asmini Budiani Ayub Darmanto Azrai, Muhammad Azrai, Muhammad S Azri Kusuma Dewi Azri Kusuma Dewi Bambang S. Purwoko Bambang S. Purwoko Bambang Sapta Purwoko Bambang Suprihatno Buang Abdullah Buang Abdullah Buang Abdullah Buang Abdullah Budi Marwoto Budi Tjahjono Danang Aria Nugroho Desi Anugra Safitri Desta Wirnas Dewi Indriyani Roslim Dewi Sukma Dewi, Iswari S. Didy Sopandie Dini Nurdiani DINI NURDIANI Djoko Santoso Djoko Santoso Djoko Santoso Djoko Santoso DONATA S PANDIN Dwi Asmono DWI HAPSORO Dwi Hapsoro Dwi Hapsoro Dwinita W. Utami Dwinita Wikan Utami Dwinita Wikan Utami Dyah Kusuma Anggraini E. Suryaningsih Edi Guhardja Edi GUHARJA Edi Santosa Elvita Dwi Jayaningsih Endrizal Endrizal ; Enung Sri Mulyaningsih Enung Sri Mulyaningsih Enung Sri Mulyaningsih Eri Sofiari Faqih Udin Fitrah Ramadhan Fitrianingrum Kurniawati, Fitrianingrum G A WATTIMENA G. A. Wattimena G. A. Wattimena Gale Ginting Gale Ginting GEDE SUASTIKA GEDE WIJANA Ghulamhdi, Munif Ghulammahdi, Munif Gustav A Wattimena Gustav A. Wattimena Helen Hetharie Herman, Muhamad Herman, Muhammad Hermanasari, Rini Hermanu Triwidodo HIASINTA FJ MOTULO Ida H. Somantri Ida H. Somantri Ida Hanarida Ida Hanarida Ida Hanarida Soemantri IDA HANARIDA SOMANTRI Indrastuti A. Rumanti Indrastuti A. Rumanti Inez H.S. Loeddin Suharsono Inez Hortense Slamet Loedin Inez Hortense Slamet Loedin Iskandar Lubis Iswari S. Dewi Iswari S. Dewi J. M. Tutupary JAJAH KOSWARA Joko Prasetiyono Jumanto Jumanto Jumanto Jumanto, Jumanto Kurniawan Rudi Trijatmiko Kurniawan Rudi Trijatmiko, Kurniawan Rudi Lestari, Angelita Puji Lina Torizo Lollie Agustina P. Putri M A Chozin M. Herman M. Herman Maggy T Suhartono MAGGY T. SUHARTONO Maggy Thenawidjaya S Maggy Thenawidjaya S. Maggy THENAWIDJAYA-SUHARTONO Maria Swastika Mariana Susilowati Mariana Susilowati, Mariana Masdiar Bustamam Maulidiya, Sherly Eka MEITY S-SINAGA Mejaya, Made Jana Memen Surahman Miftahudin . Muhamad Herman Muhammad Achmad Chozin Muhammad Azrai Muhammad Herman Muhammad Herman MUHAMMAD HERMAN Muhammad Herman Muhammad Syukur Mukelar Amir Munif Ghulamahdi Nesti F Sianipar Nesti F SIANIPAR Nindita, Anggi Nugraha, Yudhistira NURITA TORUAN-MATHIUS Nurita Toruan-Mathius, OuwerkerV, Pieter BF Pabendon, Marcia B Pieter B.F. Ouwerkerk Pieter BF OuwerkerV Purwoko, B. S. Rafiatul Rahmah Rafiatul Rahmah REFLINUR REFLINUR Rini Hermanasari Rini Hermanasari Roberdi, Roberdi S Roedhy Poerwanto Roedy Poerwanto Roedy Poerwanto Rumanti, Indrastuti A. Rumanti, Indrastuti A. RUSMILAH SUSENO Rusmilah Suseno S. M. Sumaraow S. M. Sumaraw Saptowo J. Pardal Sarsidi Sastrosumarjo Satoto, Satoto Satriyas Ilyas Satya Nugroho Satya Nugroho Setiawan, Asep S Sherly Rahayu Sherly Rahayu Sholeh Avivi Sientje Mandang Sumaraw SIENTJE MANDANG SUMARAW Sinaga, Parlin H. Sintho Wahyuning Ardie Siska Indriajaya Apriyani Slamet Loedin, Inez Hortense Soaloon Sinaga Soaloon Sinaga Sobir Sobir Sobir Sobir Sobir Sobir Sobir Sobir Sri H Hidayat Sri H. Hidayat Sri H. Hidayat Sri Hendrastuti Sudarsono Sudarsono Sudarsono Sudarsono Sudarsono Sudirman Yahya SUGIONO MOELJOPAWIRO Sugiono Moeljopawiro Sugiono Moeljopawiro Sugiyanta Sumaraow, S. M. Sumaraw, S M Suryaningsih, E. Sutrisno, Sutrisno S Suwarno , Suwarno Suwarno Suwarno Suwarno Suwarno Suwarno Suwarno Suwarno Suwarno, Suwarno Suwarno, Suwarno Swastika, Maria Syaifullah Rahim Syarifah Iis Aisyah TARUNI SRI PRAWAST MIEN KAOMINI ANY ARYANI DEDY DURYADI SOLIHIN Tika Anisa Padar Wati Tintin Suhartini Tri Hastini Tri Hastini Tri Herdiyanti Tri J. Santoso Tri Joko Santoso Tri Joko Santoso Tri Joko Santoso Trias Sitaresmi Trikoesoemaningtyas Umi Salamah Untung Susanto Untung Susanto Utut Suharsono Virk S. Parminder Vitaliano Lopena Wage Ratna Rohaeni Wening Enggarini Wening Enggarini Willy Bayuardi Suwarno Yudhistira Nugraha Yulidar Yulidar Yullianida , Yullianida , Yuniarti Yuniarti Yusniwati Yusniwati Yusuf L. Limbongan Z LALU