Claim Missing Document
Check
Articles

Analysis of Carotenoid and Chlorophyll Pigment Content in Seagrass from Mangket Beach Waters, Kema District, North Minahasa Natasya Tiranda; Desy M. H. Mantiri; Darus Sa’adah J. Paransa; Joice R.T.S.L. Rimper; Nickson J. Kawung; Markus Talintukan Lasut
JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS Vol. 13 No. 3 (2025): JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35800/jplt.13.3.2025.64842

Abstract

Seagrass is a flowering plant (Angiospermae) that can live in shallow waters and has an important role in marine ecosystems. Seagrass ecosystems are coastal ecosystems with high biological productivity and play an important role in ecological functions in coastal areas. Seagrass carries out photosynthesis with pigments as light-capturing organs. Pigments are biochromes that have activity as natural dyes and are widely used in the pharmaceutical, cosmetic, and food industries. Pigments contain bioactive compounds that have antibacterial, anticancer, antibiotic, and antioxidant activities. This study was conducted to determine the content of carotenoid and chlorophyll pigments in several types of seagrass found from Mangket Beach Waters, Kema District, North Minahasa. The methods used in this study were the maceration method, Thin Layer Chromatography (TLC) Separation and UV-Vis spectrophotometer wavelength absorption. The results showed that the seagrass Enhalus acoroides was identified as containing chlorophyll a, zeaxanthin, and chlorophyll b pigments. In the seagrass species Halophila ovalis, it was identified as containing β-cryptosanthin and chlorophyll b pigments, while in the seagrass species Thalassia hemprichii, it was identified as containing apo-β-carotene, diadinoxanthin, and chlorophyll b pigments. Keywords: pigments, Enhalus acoroides, Halophila ovalis, Thalassia hemprichii, Mangket beach, TLC,  UV-Vis spectrophotometer.   Abstrak Lamun merupakan tumbuhan berbunga (Angiospermae) yang dapat hidup di perairan dangkal dan memiliki peran penting dalam ekosistem laut. Ekosistem lamun merupakan ekosistem pesisir dengan produktivitas biologis yang tinggi dan berperan penting dalam fungsi ekologis di lingkungan wilayah pesisir. Lamun melakukan proses fotosintesis dengan pigmen sebagai organ penangkap cahaya. Pigmen merupakan biokrom yang memiliki aktivitas sebagai pewarna alami dan banyak digunakan dalam industri farmasi, kosmetik, dan makanan. Pigmen mengandung senyawa bioaktif yang memiliki aktivitas antibakteri, antikanker, antibiotik, dan antioksidan. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui kandungan pigmen karotenoid dan klorofil pada beberapa jenis lamun yang ditemukan dari Perairan Pantai Mangket, Kecamatan Kema, Minahasa Utara. Metode yang digunakan dalam penelitian ini yaitu metode maserasi, Pemisahan kromatografi Lapis Tipis (KLT) dan Serapan panjang gelombang spektrofotometer UV-Vis. Hasil penelitian menunjukkan bahwa lamun Enhalus acoroides diidentifikasi mengandung pigmen klorofil a, zeaxanthin, dan klorofil b. Pada lamun jenis Halophila ovalis diidentifikasi mengandung pigmen β-kriptosanthin, dan klorofil b sedangkan pada lamun jenis Thalassia hemprichii diidentifikasi mengandung pigmen apo-β-karoten, diadinoxanthin, tipe klorofil b. Kata kunci: pigmen, Enhalus acoroides, Halophila ovalis, Thalassia hemprichii, pantai Mangket, KLT, sektrofotometer UV-Vis
Tracing The CRISPR System in The Genomes of The Oscillatoria acuminata and Stanieria cyanosphaera Originated from Malalayang Waters Laliboso, Jurwin A.; Rumengan, Inneke; Ginting, Elvy L.; Manembu, Indri S.; Mantiri, Desy M. H.; Kawung, Nickson J.
JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS Vol. 14 No. 1 (2026): JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35800/jplt.14.1.2026.66220

Abstract

The CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) system is a specific nucleotide sequence in genomes of certain bacteria and archaea that functions as an adaptive immune system against viral infections and foreign genetic elements. However, not all microorganisms possess CRISPR systems; therefore, bioinformatic approaches are required to trace the occurrence of CRISPR-Cas systems. The objective of this study was to detect CRISPR-Cas systems in genomes of Oscillatoria acuminata and Stanieria cyanosphaera. Both species were identified among 2679 operational taxonomic units (OTUs) of microorganisms associated with ascidian Lissoclinum patella originated from Malalayang waters, based on previously reported metagenomic analyses. These species were selected due to their relatively high abundance and the availability of complete genome sequence data in the NCBI database, which were downloaded as FASTA format and analyzed using CRISPRCasFinder software. The results showed that O. acuminata possesses a complete genome sequence of 7,689,443 bp, containing 80 CRISPR arrays, of which two arrays are associated with Cas systems, and a total of 338 spacers. In the other hand, S. cyanosphaera has a complete genome sequence of 5,041,209 bp, with eight CRISPR arrays, two of which are associated with Cas systems, and a total of 37 spacers. The detected CRISPR loci were visualized using CRISPRCasViewer in three display models: linear, circular, and scatter plot. Further studies are required to determine the specific types of CRISPR-Cas systems present in each microbial genome. Keywords: O. acuminata; S. cyanosphaera; bioinformatics; CRISPRCasFinder; CRISPRCasViewer   Abstrak Sistem CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) merupakan susunan sekuens nukleotida spesifik dalam genom bakteri dan arkaea tertentu yang berfungsi sebagai  sistem imun adaptif mikroba terhadap serangan virus dan materi genetik asing. Namun, tidak semua mikroba memiliki sistem CRISPR, sehingga diperlukan pendekatan analisis bioinformatika untuk mendeteksi CRISPR. Tujuan penelitian ini adalah untuk menelusuri keberadaan sistem CRISPR-Cas pada genom Oscillatoria acuminata dan Stanieria cyanosphaera. Kedua 2 jenis mikroba ini ditemukan di antara 2679 operational taxonomic units (OTUs) mikroba yang berasosiasi dengan ascidia Lissoclinum patella dari perairan Malalayang, berdasarkan analisis metagenom yang telah dilaporkan sebelumnya.  Kedua spesies ini dipilih karena terdeteksi cukup melimpah, dan ketersediaan data urutan genom lengkap di NCBI. Data urutan genom diunduh dalam format FASTA dan dianalisis dengan perangkat lunak CRISPRCasFinder. Ternyata O. acuminata memiliki  sekuens genom  lengkap  7.689.443 bp dengan 80 unit  sistem CRISPR, dimana ada 2 unit dengan sistem Cas, serta 338 spacer. Sedangkan S. cyanosphaera memiliki sekuens genom lengkap sekitar 5.041.209 bp dengan 8 unit CRISPR, dan 2 unit dengan sistem Cas serta 37 spacer. Hasil deteksi CRISPR divisualisasikan menggunakan CRISPRCasViewer dalam tiga model tampilan, yaitu Linear, Circular, dan Scatter Plot. Selanjutnya, ke depan perlu penelusuran lebih lanjut untuk menentukan tipe CRISPR-Cas pada setiap genom mikroba tersebut. Kata Kunci: O. acuminata; S. cyanosphaera; bioinformatika; CRISPRCasFinder; CRISPRCasViewer  
Co-Authors , Esther D. Angkouw . Nasprianto Abdul Ajiz Siolimbona Abdullah, Ridha Adnan S Wantasen Adnan S. Wantasen Adnan Sjaltout Wantasen Adnan Wantasen Agustin Rustam Andika Muhammad Andreas Albertino Hutahaean Andreas Albertino Hutahaean Andreas Hutahaean Angkouw, Esther Angkow, Esther Angmalisang, Ping Antonius P Rumengan Antonius P Rumengan Antonius P. Rumengan Antonius P. Rumengan Antonius Rumengan Antonius Rumengan Antonius Rumengan Asthisa, Dias Aswan Thamin August Daulat Balaira, Greisela Batar Siahaan Batarogoa, Nego E. Bawias, Miranti Billy J. Kepel Billy T. Wagey Boneka, Farnis Bineada Budi Kurniawan Calvyn F. A. Sondak, Calvyn F. A. Chatrien A. L. Sinjal Cyska Lumenta Darus S J Paransa Darus S. Paransa Darus S.J. Paransa Darus Sa’adah J. Paransa Dedy Octavian Siahaan, Dedy Octavian Deiske A. Sumilat Deiske A. Sumilat Deiske Adeliene Sumilat, Deiske Adeliene Deislie R. H. Kumampung Devi D. Suryono Dias Diasasthisa Djakatara, Paratiti Dewi Eko S Wibowo Elvi L. Ginting Elvy L Ginting Elvy L Ginting Elvy L. Ginting, Elvy L. Engel V. Pandey Erly Y. Kaligis, Erly Y. Ester Angkow Farnis B Boneka Farnis B. Boneka Farnis Bineada Boneka Fatmawati Amin Filemon Hosea Firdaut Ismail Fitje Losung Fitly Tewal Franciskus K.I. Manik Frans Lumoindong Frans Lumoindong, Frans Fransine B. Manginsela Fransiscus Rori Gaspar D. Manu, Gaspar D. Gerung, Marselino Stevano Grace Simanjuntak, Grace Grevo S Gerung Grevo S Gerung Grevo S. Gerung Haryani Sambali Hengky Manoppo Henky Manoppo Ilaria, Christabella Louisa Inayah Inayah Indri Manembu Inneke F. M Rumengan Irmalita Tahir James J H Paulus James J H Paulus James J.H Paulus James JH Paulus James Paulus Jeheskiel, Aprilisa Viony John L. Tombokan Joice R.T.S.L Rimper Joice R.T.S.L. Rimper Joice R.T.S.L. Rimper Joice Rimper Joppy D Mudeng Joppy D Mudeng Joppy Mudeng Joshep Tamalonggehe Joshian N.W. Schaduw Joshian Nicolas William Schaduw Julia L. Kalalo Juliaan Ch. Watung Jumeini, Jumeini Kadang, Nurfadillah Kawung, Nikita Khesyia A. Makhas Khreekhoff, Renny Khusnul Hotimah Kreckhoff, Reni L. Kristi Aji Sugiarto Kumampung, Deislie Kurnia Kemer, Kurnia Kurniati Kemer Kurniati Kemer Kurniati Kemer Kurniati Kemer Kurniati Kemer Kurniati Kemer Kurniati Kremer Laliboso, Jurwin A. Lauluw, Dafid Laurenzy Tampongangoy Leibo, Regina Leonardus R. Rengkung Lepa, Bryan Gabriel Letha L. Wantania Lidya Magdalena Lintang, Rosita AJ Mamangkey, Noldy Gustaf Frans Mamuaja, Jane M. Mantiri, Rose Mantiri, Rose O.S.E. Marina F. O. Singkoh Mariska Astrid Kusumaningtyas Mariska Astrid Kusumaningtyas Markus T. Lasut Markus Talintukan Lasut Medy Ompi Medy Ompi Meiske Salaki Muhammad Aris N. Gustaf F. Mamangkey Najamuddin N Nasir Sudirman Nasprianto Nasprianto Nasprianto, - - Nasprianto, . Natalie D Rumampuk Natalie D Rumampuk Natalie D. C. Rumampuk Natalie D.C Rumampuk Natalie Rumampuk, Natalie Natasya Tiranda Nebuchadnezzar Akbar Nickson J Kawung Nickson J. Kawung Nickson J. Kawung, Nickson J. Novi Susetyo Adi Nurfadillah Kadang Nurmeilita Taher Ockstan Jurike Kalesaran Ockstan Kalesaran Ockstan Kalesaran Oscar M Lamohamad Paraeng, Pricilia Paransa, Darus S.J. Paransa, Darus Sa'adah Johanis Paransa, Darus Saadah J. Pasodung, Aditya Paulus, James Paulus, James J. H. Pelafu, Widya Pelle, Wilmy Pelle, Wilmy E. Pelle, Wilmy Etwil Pratiwi Bone Puasa, Elsian Raja Doli Reiny A. Tumbol Reiny Tumbol Renaldy Alexander Marpaung Rene C. Kepel, Rene C. Rene Ch. Kepel Rene Ch. Kepel Rene Charles Kepel, Rene Charles Restu Nur Afi Ati Restu Nur Afi Ati Restu Nur Afi Ati Rignolda Djamaluddin Rizald M Rompas Rizald M Rompas Rizald M Rompas Rizald Max Rompas, Rizald Max Robert A. Bara Robert Bara Roeroe, Kakaskasen Andreas Rompas, Rizal M. Rompas, Rizald Rompas, Rizald M Rompas, Rizald M. Rosita Lintang Rudy Moningkey Rumengan, Anton Rustam Effendi Paembonan Salawati, Vellysa Friendly Salindeho, Netty Sammy Londong Sammy N.J. Longdong Sanadi, Troy Sandra O Tilaar Sandra O. Tilaar Sandra Tilaar Sanep, Jacqlien Virgina Sarif Hidayat, Sarif Sinjal, Annita Ch. Sipriana S Tumembouw Sipriana Siana Tumembow Sipriani Tumembow Sri Winisari Van Gobel Sriyati Enjelina Sibarani Stenly Wullur Suria Darwisito Suria Darwisito, Suria Susan M. Sumampouw Suzanne L Undap Suzanne L Undap Suzanne L. Undap suzanne Undap Tamrin Tamrin Tamrin Taufiq Abdullah Terry Louise Kepel Terry Louise Kepel Terry Louise Kepel Tilaar, Ferdinand F. Tumalun, Abigael Joanete Veibe Warouw Veibe Warouw Veibe Warouw Verly Dotulong Victoria E. N. Manoppo Wahidin, Nurhalis Wantah, Monika M. Werianty Liony Zeak Wilmy E Pelle Winda Mercedes Mingkid Yanti Kaleb, Yanti Yusmiana Puspitaningsih Rahayu Zulhan A Harahap