Perkembangan teknologi, dinamika sosial, dan tekanan globalisasi telah memicu krisis identitas pendidikan tinggi Indonesia, yang ditandai oleh disorientasi tujuan institusi, melemahnya budaya ilmiah, dan degradasi nilai moral. Penelitian ini menganalisis krisis tersebut melalui perspektif filsafat ilmu, khususnya dimensi ontologi, epistemologi, dan aksiologi, serta merumuskan pendekatan konseptual untuk memperkuat identitas pendidikan tinggi. Penelitian ini menggunakan metode kualitatif dengan studi literatur yaitu menelaah artikel nasional dan internasional melalui proses identifikasi, seleksi, pembacaan mendalam, dan sintesis tematik. Analisis data mengikuti model Miles, Huberman, dan Saldana serta diperkuat triangulasi sumber. Hasil menunjukkan bahwa krisis ontologis muncul akibat komersialisasi dan birokratisasi yang menyempitkan makna pendidikan menjadi aktivitas teknokratis. Krisis epistemologis tampak melalui rendahnya literasi akademik, melemahnya budaya riset, dan maraknya plagiarisme yang menggeser pendidikan dari pencarian kebenaran. Krisis aksiologis terlihat dalam menurunnya integritas moral, etika ilmiah, dan tanggung jawab sosial. Sintesis literatur merekomendasikan rekonstruksi ontologis berbasis pemanusiaan, reformasi epistemologis melalui penguatan budaya ilmiah dan integritas akademik, serta revitalisasi aksiologis melalui internalisasi nilai moral dan misi sosial. Penelitian ini menegaskan bahwa identitas pendidikan tinggi hanya dapat diperkuat melalui integrasi seimbang antara makna, pengetahuan, dan nilai dalam seluruh proses akademik Kata Kunci: Krisis Identitas Pendidikan Tinggi, Filsafat Ilmu, Ontologi, Epistemologi, Aksiologi