Penelitian ini dilatarbelakangi oleh rendahnya hasil belajar siswa sebanyak 35% siswa yang tuntas KKTP dan 65% siswa belum tuntas KKTP pada mata pelajaran IPAS Kelas IV SD 3 Jepang serta guru menggunakan model teacher centered dalam pembelajaran seperti metode ceramah dan diskusi. Tujuan penelitian ini untuk menganalisis perbedaan rata-rata nilai pretest dan posttest siswa serta menganalisis peningkatan terhadap hasil belajar siswa menggunakan model Problem Based Learning berbantuan media APPIN kelas IV SD 3 Jepang. Penelitian ini menggunakan metode kuantitatif eksperimen dengan jenis one grup pretest-posttest design. Penelitian ini menggunakan subjek seluruh kelas IV SD 3 Jepang yang berjumlah 20 siswa. Pengumpulan data berupa test (pretest dan posttest), dan dokumentasi. Teknik analisis data berupa, uji paired sample t-test, Uji N-Gain. Berdasarkan hasil penelitian menggunakan uji Paired Sample t-Test didapatkan nilai signifikansi 0,00 dimana (0,00<0,05) sehingga H0 ditolak dan Ha diterima yang artinya rata-rata Hasil Belajar IPAS siswa setelah diberikan model Problem Based Learning berbantuan media APPIN lebih baik dari pada rata-rata Hasil Belajar IPAS siswa yang mengikuti pembelajaran konvensional. Peningkatan Hasil belajar IPAS siswa yang mengikuti pembelajaran dengan model Problem Based Learning berbantuan media APPIN berpengaruh sebesar 0,7588 dengan kategori tinggi. Dari hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa model Problem Based Learning berbantuan media APPIN terbukti berpengaruh dalam meningkatkan kemampuan literasi sains siswa kelas IV SD 3 Jepang Kudus, sehingga perlu adanya pengembangan media APPIN untuk diterapkan pada materi lain agar dapat meningkatkan Hasil Belajar IPAS siswa.