Garuda - Garba Rujukan Digital

p-Index From 2021 - 2026

4.336

P-Index

This Author published in this journals

All Journal Jurnal Agronomi Indonesia (Indonesian Journal of Agronomy) Buletin Agrohorti Jurnal Ilmu Pertanian Indonesia Jurnal Hortikultura Indonesia (JHI) Journal of Tropical Life Science : International Journal of Theoretical, Experimental, and Applied Life Sciences Zuriat BIOTROPIA - The Southeast Asian Journal of Tropical Biology Jurnal Hortikultura Jurnal Penelitian Tanaman Industri Jurnal Tanaman Industri dan Penyegar Pelita Perkebunan AGRIVITA, Journal of Agricultural Science Buletin Kebun Raya Planta Tropika Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI) Jurnal Biologi Tropis ANNALES BOGORIENSES Journal of Tropical Crop Science AGROSAINSTEK: Jurnal Ilmu dan Teknologi Pertanian Martabe : Jurnal Pengabdian Kepada Masyarakat NUSANTARA : Jurnal Ilmu Pengetahuan Sosial JOURNAL OF SCIENCE AND SOCIAL RESEARCH CORD Jurnal Penelitian Tanaman Industri (Littri) Buletin Palma TEACHING : Jurnal Inovasi Keguruan dan Ilmu Pendidikan Tut Wuri Handayani : Jurnal Keguruan dan Ilmu Pendidikan Buitenzorg: Journal of Tropical Science Jurnal Natur Indonesia Annales Bogorienses

Dewi Sukma

Departemen Agronomi Dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor. Jl. Meranti, Kampus IPB Dramaga, Bogor, 16680, Indonesia

Author-ID : 252349

Agriculture, Biological Sciences & Forestry Arts Humanities Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Chemical Engineering, Chemistry & Bioengineering Chemistry Computer Science & IT Earth & Planetary Sciences Economics, Econometrics & Finance Education Environmental Science Health Professions Immunology & microbiology Industrial & Manufacturing Engineering Languange, Linguistic, Communication & Media Library & Information Science Mathematics Medicine & Pharmacology Physics Social Sciences Veterinary Other

Published : 81 Documents Claim Missing Document

Claim Missing Document

Articles

5 6 7 8 9

Respon Plantlet In Vitro dan Induksi Ketahanan Bibit Phalaenopsis amabilis terhadap Dickeya dadantii Menggunakan Asam Salisilat Sudarsono; Lubis, Uchti Nuzul Qhinanti; Sukma, Dewi
Jurnal Agronomi Indonesia (Indonesian Journal of Agronomy) Vol. 48 No. 3 (2020): Jurnal Agronomi Indonesia
Publisher : Indonesia Society of Agronomy (PERAGI) and Department of Agronomy and Horticulture, Faculty of Agriculture, IPB University, Bogor, Indonesia

Phalaenopsis merupakan salah satu anggrek yang terkenal karena keindahan bunganya dengan variasi warna yang tinggi dan periode pembungaan yang lama. Salah satu masalah dalam budidaya anggrek adalah Penyakit Busuk Lunak (PBL) yang disebabkan oleh bakteri Dickeya dadantii. Induksi resistensi dengan Asam Salisilat (AS) merupakan metode alternatif dalam mengendalikan PBL pada Phalaenopsis. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan November 2018 sampai Maret 2019, di Laboratorium Kultur Jaringan Tanaman, Departemen Agronomi dan Hortikultura IPB. Penelitian terdiri dari dua percobaan. Percobaan 1 bertujuan untuk mengevaluasi keragaman respon planlet in vitro asal biji hasil penyerbukan sendiri P. amabilis terhadap D. dadanti dengan inokulasi pada daun terpisah dan menentukan tingkat ketahanannya. Sebanyak 7 dari 158 planlet yang diuji, memiliki respon agak tahan terhadap D. dadantii, sedangkan sisanya rentan atau sangat rentan. Percobaan 2 bertujuan untuk membandingkan respon bibit P. amabilis terhadap D. dadantii pada 1 hari setelah perlakuan asam salisilat (AS) pada konsentrasi 0, 15, 30, 45, 60, 75, dan 90 ppm menggunakan metode inokulasi daun pada bibit yang masih menempel di tanaman. Percobaan 2 menggunakan rancangan acak kelompok lengkap teracak (RKLT). Hasil penelitian menunjukkan perlakuan AS 75 ppm paling baik dalam menginduksi ketahanan bibit P. amabilis terhadap patogen penyebab busuk lunak D. dadantii. Tanaman pada perlakuan tersebut menghasilkan nilai CFU dan AUPDC lebih rendah dan aktivitas peroksidase lebih tinggi dibanding perlakuan lainnya. Kata kunci: daun terpisah, daun pada tanaman, keparahan penyakit, metode inokulasi, penyakit busuk lunak

Isolasi dan Karakterisasi Potongan DNA Gen Sterol Metiltransferase 1 (SMT1) Asal Kelapa Sawit Rizal, Syamsi; Sukma, Dewi; Siberakuno, Roberdi; Liwang, Tony; Sudarsono
Jurnal Agronomi Indonesia (Indonesian Journal of Agronomy) Vol. 48 No. 3 (2020): Jurnal Agronomi Indonesia
Publisher : Indonesia Society of Agronomy (PERAGI) and Department of Agronomy and Horticulture, Faculty of Agriculture, IPB University, Bogor, Indonesia

Tanaman dengan pertambahan tinggi yang lambat merupakan karakter penting dalam program pemuliaan kelapa sawit dan brasinosteroid merupakan hormon penting yang berpengaruh untuk karakter tersebut. Gen sterol metiltransferase 1 (SMT1) merupakan salah satu gen kunci dalam biosintesis brasinosteroid. Pengembangan marker molekuler dapat dimulai dengan identifikasi dan karakterisasi gen yang terkait dengan karakter target. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi keragaman nukleotida gen SMT1. Amplifikasi PCR dilakukan menggunakan genom Elaeis oleifera (E.o.), E. guineensis (E.g.) dan hibrida dari keduanya (E.g. x E.o.) dengan sepasang primer spesifik gen SMT1. Dalam penelitian ini berhasil diamplifikasi satu potongan DNA gen SMT1 dan dari hasil DNA sequencing berhasil diidentifikasi sebanyak 501- 505 pb. Potongan DNA yang diidentifikasi terdiri atas partial intron 8, exon 9, intron 9, dan patial exon 10, yang menyandi antara 104-105 residu asam amino. Domain residu asam amino terkonservasi ditemukan dalam hasil translasi amplikon, yang berkorelasi dengan situs aktif dalam biosintesis brasinosteroid dan mengkonfirmasi identitas amplikon sebagai bagian dari gen SMT1. Keragaman nukleotida potongan DNA gen SMT1 yang teridentifikasi berpotensi dapat digunakan untuk pengembangan marker molekuler yang bermanfaat untuk pemuliaan tanaman kelapa sawit, terutama untuk karakter pertambahan tinggi tanaman yang lambat. Kata kunci: Brasinosteroid, sterol, tanaman kerdil

Morphological traits and Zn content of several cassava genotypes in nutrient solution culture Pratama, Syilvia Nosya; Sudarsono; Ardie, Sintho Wahyuning; Sukma, Dewi
Jurnal Agronomi Indonesia (Indonesian Journal of Agronomy) Vol. 51 No. 2 (2023): Jurnal Agronomi Indonesia (Indonesian Journal of Agronomy)
Publisher : Indonesia Society of Agronomy (PERAGI) and Department of Agronomy and Horticulture, Faculty of Agriculture, IPB University, Bogor, Indonesia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24831/ija.v51i2.44535

Leaf morphological characters and nutrient content in leaf tissue can vary depending on plant genotype. The nutrient solution culture can produce leaves with good nutritional content. Therefore, this research aimed to evaluate and validate cassava putative mutants' morphological traits and Zn content using a nutrient solution culture system. This research was carried out from January to May 2022 at the greenhouse of Cikabayan Experimental Garden, IPB University, Bogor. This study used two cassava cultivars and ten mutant genotypes from the cassava research team of IPB University, resulting from mutation breeding by gamma irradiation. The plant characters observed in this study included the number of leaves, length and width of the leaflet, leaf colour, plant height, fresh and dry weight leaf, and analysis of Zn content. The data were analyzed using ANOVA at a significant level of α = 5%, followed by Tukey's further test. The results showed that the G2D1-422 genotype had a higher Zn content than the wild type (Ratim/G2) and the other genotypes. The high Zn genotypes (G2D1-422) and low Zn genotypes (Ratim (G2) had not significantly different in fresh and dry leaf weight. Meanwhile, the plant genotype did not affect other growth characteristics such as plant height, the number of leaves, and the length and width of the leaflets, and overall, the characters were similar between the observed genotypes.

Manajemen Produksi Kelor (Moringa oleifera Lam.) Organik di Blora, Jawa Tengah Yudhi, Joshinjitsu Fatirizqina; Kartika, Juang Gema; Sukma, Dewi
Buletin Agrohorti Vol. 11 No. 3 (2023): Buletin Agrohorti
Publisher : Departemen Agronomi dan Hortikultura

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.29244/agrob.v11i3.51338

Kelor termasuk komoditas hortikultura tropis yang memiliki banyak manfaat dan dapat dijadikan sebagai alternatif pemenuhan pangan fungsional. Kegiatan penelitian bertujuan untuk mendapatkan data dan mengevaluasi pengelolaan tenaga kerja pada sistem budidaya kelor dengan menghitung efisiensi penggunaan tenaga kerja. Kegiatan dilaksanakan pada bulan Januari hingga Mei 2019 di Blora, Jawa Tengah. Kebutuhan tenaga kerja dihitung berdasarkan jumlah HOK realisasi pada setiap jenis pekerjaan. Jenis pekerjaan yang dapat diamati meliputi pemupukan, pemanenan, pengendalian hama, serta pengendalian gulma dan pembumbunan. Jumlah HOK yang dimiliki perusahaan adalah 1,800 HOK, sedangkan HOK realisasi yang dihitung di lapangan berjumlah 1,491 HOK sehingga kebutuhan tenaga kerja lebih kecil dibandingkan dengan realisasi yang ada pada perusahaan. Kelebihan tenaga kerja pada perusahaan disebabkan oleh jam kerja yang dibebankan perusahaan lebih kecil dibandingkan jam kerja standar. Peningkatan efisiensi tenaga kerja dapat dilakukan dengan mengurangi jumlah tenaga kerja menjadi 5 orang dan penambahan jam kerja efektif menjadi 7 jam. Kata kunci : efisiensi tenaga kerja, jam kerja, jenis pekerjaan

OPTIMIZATION OF KINETIN CONCENTRATIONS AND MEDIUM COMPOSITIONS FOR CITRUS SHOOT MULTIPLICATION FROM COTILEDONARY NODE Nugroho, Kristianto; Kosmiatin, Mia; Santoso, Tri Joko; Sukma, Dewi; Purwito, Agus; Husni, Ali; Martasari, Chaireni
BIOTROPIA Vol. 31 No. 1 (2024): BIOTROPIA Vol. 31 No. 1 April 2024
Publisher : SEAMEO BIOTROP

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.11598/btb.2024.31.1.2136

Plant regeneration post-genetic transformation play an important an role in genome editing activities that should be optimized via several factors such as the composition of the medium and the concentration of plant growth regulators. This study aimed to optimize the kinetin concentrations and medium compositions for shoot multiplication originating from cotyledon node explants of several local citrus cultivars. The cotyledonary nodes from three citrus cultivars (Batu 55, Siam Madu, and Proksi-1 Agrihorti) were incubated in MS medium with Morel and Wetmore vitamins (VMW) supplemented with several kinetin concentrations (0; 0.2; 0.4; 0.6; 0.8; and 1 mg/L). The best kinetin concentrations for number of shoots variable were then combined with MT medium. The results showed that kinetin concentration at 0.8 mg/L gave the best number of shoot in Batu 55 cultivar as well as 1 mg/L concentration in Siam Madu and Proksi-1 Agrihorti cultivars. The combination 1 mg/L kinetin with Murashige and Tucker (MT) medium showed the best number of shoots, percentage of shoot formation, number of leaves, number of nodes, and shoot length in this study. This medium composition could be further used for shoot multiplication in genetic transformation in those three citrus cultivars, including genome editing activities in development of new improved citrus varieties.

KESERASIAN SOSIAL DAN POLITIK DALAM MASYARAKAT â€œBERBILANG KAUMâ€ DI KOTA SIBOLGA Fuady Dharma Harahap, Andes; Husein Nst, Ahmad; Pulungan, Darmasyah; Sari, Novila; Fadillah, Anggun; Isnaini Harahap, Fitri; Hasibuan, Nadia; Pulungan, Nurpadilah; Khoiruddin, Khoiruddin; Riski Ananda, Ihwan; Halimatussakdiyah, Halimatussakdiyah; Alwi, Ahmad; Sihombing, Novi; Daulay, Delfina; Lestari Koto, Putri; Bukhori, Ahmad; Sauri Nasution, Sofyan; Alam Sani, Fajri; Simatupang, Juliana; Salamah, Siti; Sandi, Gunawan; Sukma, Dewi; Akbar, Machmul; Dodi Saputra, Muhammad; Silviyani Siregar, Sindi
NUSANTARA : Jurnal Ilmu Pengetahuan Sosial Vol 10, No 12 (2023): NUSANTARA : Jurnal Ilmu Pengetahuan Sosial
Publisher : Universitas Muhammadiyah Tapanuli Selatan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.31604/jips.v10i12.2023.5414-5427

Tujuan penelitian ini untuk melihat sejauh mana implementasi konstruksi keragaman masyarakat Indonesia di Kota Sibolga yang dikenal sebagai â€œNegeri Berbilang Kaumâ€.Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah jenis penelitian deskriptif dengan pendekatan kualitatif. Hasil penelitian menunjukkan, bahasa pesisir sebagai bahasa pemersatu diantara etnis yang berbeda, sehingga keberadaan bahasa pesisir tersebut dapat mendukung terciptanya masyarakat yang serasi dan rukun. Kondisi keserasian sosial ini juga terlihat dari adanya Adat Sumando sebagai adat pemersatu dalam setiap perkawinan yang dilakukan. Adat Sumando adalah pertambahan atau percampuran satu keluarga dengan keluarga lain yang seagama, yang diikat dengan tali pernikahan menurut hukum Islam dan disahkan dengan suatu acara adat Pesisir. Adat ini merupakan campuran dari hukum Islam, adat Minangkabau, dan adat Batak. Keberadaan Adat Sumando inilah yang membuat kota ini menjadi lebih unik, dimana ketika etnis Batak yang sudah masuk ke dalam Adat Sumando yang notabene beragama Islam, maka marga yang ada tetap dipakai. Hal inilah membuat masyarakat yang bermarga Batak tetapi beretnis Pesisir. Dari hasil penelitian ini juga menunjukan bahwa ada beberapa faktor pendukung terciptanya keserasian sosial dalam masyarakat multi etnis di Kota Sibolga sebagai berikut: Pertama; faktor historis, dimana sejak berdirinya kota ini telah ramai di kunjungi oleh pendatang dari berbagai daerah dan beragam etnis yang terjalin dalam interaksi sosial yang harmonis sehingga menjadikan kota ini sebagai kota yang dinamis dan terbuka serta menjadi kota yang mapan dalam mengelola masyarakat yang harmonis dalam keberagaman (harmony in diversity). Kedua; faktor adaptasi, dimana kemampuan masyarakat yang tinggal di kota ini dalam menguasai bahasa Pesisir dalam berinteraksi sehari-hari, sehingga kemampuan adaptif inilah yang membuat masyarakat hidup serasi dan rukun. Ketiga; faktor demografi dan pola pemukiman, dimana dengan kepadatan penduduk yang cukup tinggi di kota ini mengakibatkan pola pemukiman membaur yang cenderung meniadakan garis pemisah (border line) atau mereduksi komunikasi yang terbatas, sehingga dapat meningkatkan interaksi dan kontak sosial yang semakin intens.

Isolation and Characterization of OsNAC6 cDNA from Rice (Oryza sativa L.) cv. Nipponbare, Batutegi, and Rojolele Rachmat, Agus; Nugroho, Satya; Nurdiani, Dini; Swastika, Maria; Sukma, Dewi; Aswidinnoor, Hajrial; Sudarsono, Sudarsono
Annales Bogorienses Vol. 18 No. 2 (2014): Annales Bogorienses
Publisher : BRIN

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Transcription factors have an important function in regulating gene expression and plant responses to stresses. The ERF, bZIP, WRKY, MYB, and NAC are stress inducible transcription factors. The OsNAC6 is a member of the NAC transcription factor family in rice and its expression is induced by abiotic stresses, wounding and blast disease. Characterization of OsNAC6 gene sequences would give a better understanding on how OsNAC gene functions biologically. The objectives of this research are to isolate the OsNAC6 cDNA from Nipponbare, Batutegi, and Rojolele cultivars, to characterize their DNA sequences, and to compare their sequences to other NAC genes from other plants available in GenBank DNA databases. Isolated cDNA and sequencing of the fragments resulted in a 912 bp DNA sequences. Translation of the sequences yielded a protein consisted of 303 amino acid residue. Blast analysis of amino acid sequences indicated identity of isolated cDNA from three Indonesian rice cultivars are the OsNAC6 gene. Deduced amino acid residues from amplified cDNAs of Nipponbare, Batutegi, and Rojolele cultivars shared 100% sequence identities to rice OsNAC6 (Acc. # BAA89800), 71-100% sequence identity to a number of OsNAC protein from Oryza sativa and 63-83% sequence identity to NAC protein from other plants.

Analisis Ketahanan Klonal Anggrek Phalaenopsis Terhadap Bakteri Dickeya Dadantii Humaira, Mira; Purwito, Agus; Sudarsono, Sudarsono; Sukma, Dewi
JOURNAL OF SCIENCE AND SOCIAL RESEARCH Vol 8, No 4 (2025): November 2025
Publisher : Smart Education

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.54314/jssr.v8i4.4857

Abstract: Phalaenopsis orchids are one of the ornamental plants that are very popular with the public because they have attractive flower colors and shapes. One of the obstacles in the success of orchid cultivation is the attack of soft rot disease caused by Dickeya dadantii. Therefore, efforts are needed to find Phalaenopsis clones that are resistant to soft rot disease. This study aims to identify the resistance response of the hybrid orchid genotype Phal. Salu Spot Phal. bellina no. 1102-44. The plant material used was the hybrid orchid Phal. Salu Spot Phal. bellina no. 1102-44 inoculated with Dickeya dadantii bacteria. Identification of the resistance response was carried out through the infection method using the leaf disk technique. The results showed that the clone Phal. Salu Spot Phal. bellina no. 1102-44 was successfully grouped into five resistance classes at 24 JSI (hours after inoculation). A total of three accessions were identified as having resistance to soft rot disease, with two accessions originating from the 22.19 M media treatment (T2-15 and T2-17) and one other accession originating from the 44.39 M media treatment (T4-23).Keywords: orchid, Dickeya dadantii, plant resistance, leaf disk technique Abstrak: Anggrek Phalaenopsis merupakan salah satu tanaman hias yang sangat diminati masyarakat karena memiliki warna dan bentuk bunga yang menarik. Salah satu hambatan dalam keberhasilan budidaya tanaman anggrek adalah serangan penyakit busuk lunak yang disebabkan oleh Dickeya dadantii. Oleh karena itu, diperlukan upaya untuk menemukan klon Phalaenopsis yang memiliki ketahanan terhadap penyakit busuk lunak. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi respons ketahanan genotipe anggrek hibrida Phal. Salu Spot Phal. bellina no. 1102-44. Bahan tanaman yang digunakan berupa anggrek hibrida Phal. Salu Spot Phal. bellina no. 1102-44 yang diinokulasi dengan bakteri Dickeya dadantii. Identifikasi respons ketahanan dilakukan melalui metode infeksi menggunakan teknik leaf disk. Hasil penelitian menunjukkan bahwa klon Phal. Salu Spot Phal. bellina no. 1102-44 berhasil dikelompokkan ke dalam lima kelas ketahanan pada 24 JSI (jam setelah inokulasi). Sebanyak tiga aksesi teridentifikasi memiliki ketahanan terhadap penyakit busuk lunak, dengan dua aksesi berasal dari perlakuan media 22,19 M (T2-15 dan T2-17) dan satu aksesi lainnya berasal dari perlakuan media 44,39 M (T4-23).Kata kunci: Anggrek, Dickeya dadantii, ketahanan tanaman, tekhnik leaf disk

Penerapan Model Pembelajaran Kooperatif Tipe Jigsaw untuk Meningkatkan Hasil Belajar Siswa pada Materi Fiqih Ibadah Kelas XI di sekolah MA Bait Qurany Rosfiani, Okta; Ismiati, Mely; Sukma, Dewi; Syafa, Naila; Zulfa, Aqila; Saidah, Marwatu; Saputra, Galang Rafly Yus; Avisena, Dimas Lutfi; Fawaz, Ataya Thalita; Islami, Muhammad Randy; Razaq, Sahid Muhammad
Tut Wuri Handayani : Jurnal Keguruan dan Ilmu Pendidikan Vol. 4 No. 4 (2025): Desember 2025
Publisher : Lembaga Riset Ilmiah

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.59086/jkip.v4i4.1297

Penelitian ini bertujuan untuk meningkatkan hasil belajar Fiqih Muamalah siswa melalui penerapan modul pembelajaran kooperatif tipe Jigsaw di kelas XI MA Bait Qurany. Metode pembelajaran konvensional yang berpusat pada guru menyebabkan rendahnya partisipasi siswa dan terbatasnya pemahaman konsep Fiqih Muamalah yang kompleks. Penelitian ini menggunakan Penelitian Tindakan Kelas (PTK) berdasarkan model Kurt Lewin, yang terdiri dari perencanaan, tindakan, observasi, dan refleksi dalam satu siklus tindakan. Subjek penelitian adalah delapan siswa kelas XI. Data dikumpulkan melalui pre test dan post-test, observasi, dan dokumentasi. Hasil penelitian menunjukkan adanya peningkatan hasil belajar siswa yang signifikan setelah penerapan model Jigsaw. Siswa menjadi lebih aktif, kolaboratif, dan bertanggung jawab melalui kegiatan kelompok ahli dan rumah, serta bimbingan sejawat dan pembelajaran berbasis kasus. Seluruh siswa mencapai ketuntasan belajar pada post-test, melebihi kriteria keberhasilan yang telah ditentukan. Temuan ini menunjukkan bahwa modul pembelajaran kooperatif tipe Jigsaw efektif meningkatkan aspek kognitif, sosial, dan aktivitas belajar dalam pembelajaran Fiqih Muamalah tingkat madrasah. This study aims to improve students’ learning outcomes in Muamalah Fiqh through the implementation of a Jigsaw-type cooperative learning module in class XI of MA Bait Qurany. Conventional, teacher-centered learning methods have led to low student participation and limited understanding of complex Muamalah Fiqh concepts. This research employed Classroom Action Research (CAR) based on Kurt Lewin’s model, consisting of planning, action, observation, and reflection in a single action cycle. The subjects were eight class XI students. Data were collected through pre-tests and post-tests, observations, and documentation. The results showed a significant improvement in students’ learning outcomes after the application of the Jigsaw model. Students became more active, collaborative, and responsible through expert and home group activities, as well as peer tutoring and case-based learning. All students achieved learning mastery in the post-test, exceeding the predetermined success criteria. These findings indicate that the Jigsaw-type cooperative learning module is effective in improving cognitive, social, and learning activity aspects in Muamalah Fiqh learning at the madrasah level.

Studi In Silico Sekuen NONEXPRESSOR OF PATHOGENESIS-RELATED GENES 1 (NPR1) pada Jeruk yang Terkait dengan Resistensi Huanglongbing Nugroho, Kristianto; Santoso, Tri Joko; Kosmiatin, Mia; Sukma, Dewi; Purwito, Agus
Buitenzorg: Journal of Tropical Science Vol 2 No 2 (2025): Buitenzorg: Journal of Tropical Science
Publisher : Innovation Centre for Tropical Sciences

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.70158/buitenzorg.v2i2.25

The evaluation of citrus resistance to Huanglongbing (HLB) disease is still challenging due to the incapability of the bacteria to be cultured purely in artificial medium, the complexity of inoculation methods, and the long duration required for phenotypic observation. Thus, the use of molecular markers is one of the alternatives to solve this problem. The focuses of this study were to perform in silico analysis of the nucleotide variations in NONEXPRESSOR OF PATHOGENESIS-RELATED GENES 1 (NPR1) gene sequence among several citrus genotypes whose resistance information to HLB have been known previously and to employ phylogenetic analysis among them. The NPR1 gene sequences from 20 genotypes which consisted of 14 citrus and six relative genotypes were collected in silico from Citrus Genome Database and analyzed using multiple sequence alignment program. A total of six interesting SNPs that could distinguish between susceptible and resistant citrus genotypes were detected in this study. As many as five SNPs were non-synonymous, while only one synonymous SNP that did not cause the amino acid change was identified in this study. The phylogenetic analysis also revealed the separation between susceptible and tolerant/resistant citrus genotypes in two main clusters. The SNPs found in this study are expected to be useful for designing new functional markers as a selection tool in future studies. Keywords: in silico, molecular marker, phylogenetic analysis, selection tool, SNP

Co-Authors , Krisantini , Nazi , Rustikawati ,, Giyanto ABDUL MUNIF Abdullah bin Arif Adimas Krishardianto Agus Purwito Agus Rachmat Agus Rachmat Ahmad Bukhori, Ahmad Ahmad Fathoni Aji, Titistyas Gusti Akbar, Machmul Alam Sani, Fajri Ali Husni Alvianti Yaufa Desita Alwi, Ahmad Andri, Eldrida Antony Demas Apriliani, Elisa Arifah Rahayu Arrin Rosmala Ary Setiawati Assyifa Fauzia Atra Romeida Avisena, Dimas Lutfi Azmi, Tubagus Kiki Kawakibi Budi Marwoto Chaireni Martasari Cici Tresniawati Daulay, Delfina Deden Derajat Matra Deden Sukmajaya Demas, Antony Dewa Ngurah Suprapta Dini Nurdiani DINI NURDIANI Dirga, Kate Tiffany Dodi Saputra, Muhammad Dwi Utami Nur Usmani Efendi, Darda Eka Martha Della Rahayu Elina, Juanita Elis Nina Herliyana Elizabeth Handini ELSJE T. TENDA ELSJE T. TENDA, ELSJE T. ENNY RANDRIANI Erick Raynalta Erick Raynalta, Erick Erna Sulistiana Erna Sulistiana Fadillah, Anggun Fajar Pangestu Fauziah, Ni'mah Fawaz, Ataya Thalita Fuady Dharma Harahap, Andes Giyanto, dan Gustaaf Adolf Wattimena HAJRIAL ASWIDINNOOR Halimatussakdiyah, Halimatussakdiyah Handini, Aline Sisi Hasibuan, Nadia Hengky Novarianto Hengky Novarianto HENGKY NOVARIANTO Hermanto, Catur Hidayatullah, Deden Husein Nst, Ahmad I MADE ARTIKA Ika Roostika Ira Fauziah Noer Irawati Irawati Islami, Muhammad Randy Ismail Maskromo Ismail Maskromo ISMAIL MASKROMO Ismiati, Mely Isnaini Harahap, Fitri Iswari S. Dewi Juang Gema Kartika Kartiman, Roni Kartiman, Roni Khoiruddin Khoiruddin Khoiuruddin, Khoiruddin Krishardianto, Adimas KRISTIANTO NUGROHO, KRISTIANTO Kultsum, Fifit Lestari Koto, Putri Lolliani Lubis, Uchti Nuzul Qhinanti M. Syukur Maria Swastika Maryuandini, Ufi MASKROMO, ISMAIL MASKROMO, ISMAIL Mastur Mastur Megawati, Gina MEITY A. TULALO MEITY A. TULALO, MEITY A. Mia Kosmiatin Mira Humaira Muhamad Rizal Martua Damanik Muhamad Syukur Muhammad Syukur Muhammad Syukur Muthi'ah Khairun Nisa Muthi’ah Khairun Nisa Nabilah, Noorfakhriyah Ahsanti Nasution, Fery Endang Ni'mah Fauziah Noer, Ira Fauziah NOVARIANTO, HENGKY NOVARIANTO, HENGKY Nur Ajijah NUR AJIJAH Nurgravisi, Primanisa Nurul Khumaida OKTA ROSFIANI Pebra Heriansyah Pratama, Syilvia Nosya PUJI LESTARI Pulungan, Darmasyah Pulungan, Nurpadilah Putri, Astrid Aditya Putri, Halida Adistya Putri, Yane Riana Rahmawati, Rika Sri rawati ,, rawati Razaq, Sahid Muhammad Refa Firgiyanto REFLINUR REFLINUR Riski Ananda, Ihwan Rizal, Syamsi Roedhy Poerwanto RUBIYO RUBIYO Rusmiyati, Henny S. Sudarsono Sachio, Sachio Safri Hasibuan, Iskandar Saidah, Marwatu Sandi, Gunawan Sandra A. Aziz Sandra Arifin Aziz Saputra, Galang Rafly Yus Sari, Novila Satya Nugroho Satya Nugroho Sauri Nasution, Sofyan Shandra Amarilis Shandra Amarillis Siberakuno, Roberdi Sihombing, Novi Silviyani Siregar, Sindi Simatupang, Juli Simatupang, Juliana Sintho Wahyuning Ardie Siti Salamah Slamet Susanto Sormin, Darlina Sudarsono Sudarsono SUDARSONO SUDARSONO SUDARSONO SUDARSONO Sudarsono Sudarsono Sudarsono, dan SUDARSONO, nFn SUDARSONO, nFn Sudarsono, Sudarsono Sugianto, Pingkan Sukendah SUKENDAH SUKENDAH SUKENDAH SUKENDAH, SUKENDAH SUKENDAH, nFn SUKENDAH, nFn Sukmana, Bayu Surjono Hadi Sutjahjo Suryo Wiyono Suskandari Kartikaningrum Sutanto, Agus Swastika, Maria Swastika, Maria Syafa, Naila Syarifah Iis Aisyah Syilvia Nosya Pratama Tony Liwang TRI JOKO SANTOSO Tya Wulandari Ucu Sumirat Wahyu Arif Sudarsono Wahyu Arif Sudarsono Waras Nurcholis Willy Bayuardi Suwarno Yafqori Ardigusa Yasmin, Zahra Fadhlia Yoshua Shandy Yudha Yudhi, Joshinjitsu Fatirizqina Yustia Yulianti Zahra Fadhlia Yasmin Zulfa, Aqila

Title

Found 81 Documents
Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title Search

Found 81 Documents Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title

Found 81 Documents
Search