Tujuan Pendidikan Agama Islam dalam menginternalisasikan nilai-nilai karakter masih belum sepenuhnya dapat tercapai. Rumusan masalah dalam artikel ini adalah bagaimana analisis evaluasi dan pengembangan kebijakan Pendidikan Agama Islam saat ini? Untuk itu, tujuan dari penulisan artikel ini adalah untuk memberikan gambaran mengenai isu dan masalah dalam analisis evaluasi dan pengembangan kebijakan Pendidikan Agama Islam. Artikel ini dibuat dengan menggunakan metode literatur dengan pendekatan deskriptif-analitis dan sumber data berupa buku, jurnal-jurnal ilmiah, dan laporan ataupun dokumen pemerintah. Hasil pengkajian menunjukkan bahwa terdapat isu tentang dikotomi dan diskriminatif pesantren. Padahal dengan adanya integrasi antara pendidikan keagamaan dan pendidikan umum dan dengan mengembangkan pesantren maka proses internalisasi nilai-nilai karakter terutama nilai-nilai karakter Islami akan lebih mudah dilakukan. Selain isu, terdapat pula masalah mengenai kebijakan Pendidikan Agama Islam, seperti kurang solidnya koordinasi antara Kementerian Agama dan Kementerian Pendidikan, modernisasi Pendidikan Agama Islam, dan masalah lainnya. Masalah-masalah kebijakan tersebut dapat diatasi jika para pemangku kepentingan bisa saling bersinergi untuk mewujudkan pendidikan yang menyeluruh.