Kajian sistematik kelelawar pemakan buah (Chiroptera: Pteropodidae) masih menjadi perdebatan. Penelitian filogenetik dan kariotipe menunjukkan ketidaksesuaian data DNA dan data kromosom dengan batas karakter morfologi, termasuk pada spesies Pteropodidae di Pulau Jawa. Selain itu, penelitian mengenai filogenetik dan kariotipe kelelawar Pteropodidae di Pulau Jawa belum banyak dieksplorasi. Studi ini bertujuan untuk memaparkan kajian sistematik kelelawar Pteropodidae di Pulau Jawa berdasarkan studi filogenetik dan kariotipe secara komprehesif. Studi ini menggunakan penelusuran literatur lengkap mengenai sejarah sistematik Pteropodidae dan taksonomi berdasarkan studi filogenetik serta kariotipe Pteropodidae di Pulau Jawa. Secara filogenetik, masih terjadi permasalahan sistematik pada tingkat genus. Selain itu, berdasarkan data kariotipe spesies Pteropodidae di Pulau Jawa menunjukkan jumlah diploid kromosom seragam, namun memiliki bentuk kromosom yang berbeda. Kajian ini dapat digunakan untuk melakukan penelitian lebih lanjut mengenai sistematik Pteropodidae di Indonesia.