Generasi Z mengalami krisis moral multidimensi di era digital, terlihat dari dehumanisasi interaksi sosial (QS. Al-Hujurat: 12), memudarnya nilai sabr, dan kenakalan remaja berbasis teknologi (KPAI, 2023: 67%). Penelitian ini mengkritik pendidikan Islam konvensional yang masih terfokus pada hafalan ayat dan fiqh formalistik, tanpa internalisasi nilai afektif-spiritual. Solusi yang dikembangkan adalah model AQE (Pendidikan Afektif Berbasis Al-Qur'an) berdasarkan tiga pilar: ta'abbud (pengabdian spiritual), tafakkur (perenungan ayat), dan mu'amalah (interaksi sosial bernilai). Model ini memadukan konsep qalb Al-Ghazali, teori afektif Krathwohl, dan neurosains spiritual. Prototipe modul Tarbiyah Qalbiyah berbasis desain pemikiran telah diuji di lima pesantren modern, menunjukkan hasil signifikan: penurunan 58% kasus perundungan dan peningkatan 40% kesadaran moral. Validasi ahli (CVI 0,89) membuktikan kelayakan modul ini dalam menginternalisasi nilai-nilai Al-Qur'an secara holistik. Temuan ini merekomendasikan reformasi kurikulum berbasis kognitif-afektif, pelatihan guru, dan kolaborasi interdisipliner untuk pengembangan alat refleksi digital spiritual