Penelitian untuk mengungkap kualitas perairan dan profil reproduksi ikan di sungai Pelus wilayah Kabupaten Banyumas dilakukan menggunakan metode survei, dengan teknik sampling purposive random sampling. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kualitas perairan yang meliputi parameter fisika dan kimia perairan, yaitu : suhu, kecepatan arus, kecerahan air, kandungan oksigen terlarut dan pH serta variasi spesies plankton di Sungai Pelus Wilayah Kabupaten Banyumas dalam kondisi baik dan layak untuk kehidupan ikan. Hasil analisis diketahui terdapat 13 jenis ikan yang teridentifikasi ditiga lokasi selama enam kali ulangan dengan interval waktu enam bulan dengan jumlah total ikan yang diperoleh 497 ekor yang terdiri dari 212 ekor ikan betina dan 285 ekor ikan jantan. Rasio kelamin ikan diketahui bahwa jumlah ikan jantan lebih banyak dibandingkan ikan betina, apabila kondisi ini terus berlangsung, dikhawatirkan populasi ikan yang berada di Sungai Pelus akan berkurang dan dapat terjadi kepunahan. Tingkat Kematangan Gonad (TKG) menunjukan bahwa dari 14 jenis ikan yang tertangkap, memiliki TKG antara I – V . Perbedaan TKG yang didapat setiap bulannya pada satu spesies ikan menunjukan ikan melakukan penijahan sepanjang tahun. Indeks Kematangan Gonad (IKG) menunjukan bahwa sembilan dari 20 jenis ikan yang dapat dihitung nilai IKG, memiliki nilai IKG dibawah 20 % yang menunjukan bahwa dapat memijah lebih dari satu kali setiap tahunnya. Fekunditas ikan menunjukan bahwa terdapat enam dari 14 jenis ikan yang dapat dihitung nilai fekunditasnya dan ikan yang memiliki nilai fekunditas tertinggi adalah ikan Melem (Osteochilus vittatus) dan Brek (Barbonymus balleroides).